染色体20q13区域候选基因的SNP位点与2型糖尿病相关性的研究

摘要

该所利用华东地区汉族2型糖尿病家系进行全基因扫描发现20号染色体长臂上的一个微卫星标记(D20s196)附近区域和2型糖尿病相连锁,而D20s196所在的20q13区域也是已报道的2型糖尿病重要的相关区域之一.此区域同时包含一些和肥胖相关的基因.该研究在此基础上选择20q13区域的候选基因进行单核苷酸多态性筛查,基因分型与关联分析,进一步定位2型糖尿病的致病基因和相关的SNP位点.首先我们选择了11个涉及胰岛素分泌,信号转导,脂代谢和能量利用的基因,通过生物信息学方法在公共SNP数据库中查找定位区域内11个候选基因的21个已知SNP位点,用等位基因专一性PCR的方法进行分型,做病例-对照关联分析,检测这些SNP位点与2型糖尿病的相关性.并同时分析其他2型糖尿病相关指标如HOMA<,IR>.其次我们对其中一个重要的候选基因酪氨酸磷酸酶-1B(PTP-1B)采用直接测序法对基因的调控区、编码区及其临近的内含子区作SNP筛查,并采用病例-对照研究作进一步的关联分析.结果我们发现在所筛查的11个基因的21个SNP位点中,有8个SNP位点为高频位点,13个位点在该组人群中未找到.病例-配偶对照关联分析结果显示PRex1基因的SNP位点rs3936192(Ser/Thr)G>C在糖尿病病人和正常配偶中C等位基因频率(P=0.0280)有显著差异.而其余高频SNP在2型糖尿病组和正常配偶组的频率均无显著性差异(P>0.05).各位点和其他相关指标都无相关性.PTP-1B基因共检出6个SNPs位点,其中内含子区3个,外显子区3个;在病例-配偶对照中分型,17/301 T>C等位基因频率在糖尿病病人和正常人配偶中有显著差异(P=0.0467),其余位点的等位基因频率在两组间的分布则无明显差异.而与肥胖的相关性研究中发现15/37 C>A和17/301T>C位点与男性的WHR相关,15/37为CC纯合子或17/301为TT纯合子的男性WHR高与其他基因型.

目录

第一部分 用等位基因专一性实时PCR进行SNP分型的方法研究

引言

材料和方法

结果

讨论

第二部分 20q13区域候选基因已知SNP位点与2型糖尿病相关性研究

引言

材料与方法

结果

讨论

第三部分PTP-1B基因单核苷酸多态性与2型糖尿病和肥胖的相关性研究

结论

参考文献

致谢

综述 游离脂肪酸引起胰岛β细胞损伤机制的研究进展

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