上海大学答辩委员会意见
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摘要
Abstract
第一章RNA二级结构预测系统的研究综述
1.1 RNA二级结构的理论问题
1.2 RNA二级结构的分析方法
1.3 RNA二级结构预测的有关概念
1.4 RNA二级结构预测的基本原理
1.5 RNA二级结构预测算法的比较
1.5.1Nussinov的碱基最大配对方法
1.5.2 Zuker的极小自由能RNA二级结构预测
1.5.3螺旋区所有可能组合方法
1.5.4基于多序列比较的RNA二级结构预测方法
1.6 RNA二级结构表示
1.7本章小结
第二章HIV-1病毒RNA二级结构的计算机预测
2.1概述
2.2研究目的
2.3研究对象
2.3.1 HIV基因组的结构
2.3.2 HIV-1基因组序列的来源
2.4分析平台与工具
2.5研究方法与过程
2.5.1多序列比对
2.5.2 RNA二级结构的预测方法
2.5.3HIV-1的RNA二级结构预测过程
2.6研究结果
2.6.1多序列比对结果
2.6.2 RRE片段的二级结构预测结果
2.6.3HIV-1的RNA二级结构预测结果
2.7分析与讨论
2.7.1基于单序列输入的软件准确度讨论
2.7.2基于RRE多序列比对输入的软件预测准确度讨论
2.7.3基于单序列与多序列比对输入的预测方法的综合评价
2.8本章小结
第三章SARS病毒RNA二级结构的计算机预测
3.1研究背景
3.2研究对象
3.3研究目的
3.4研究工具
3.5研究方法与过程
3.5.1 BJ01和TOR02的序列比对分析
3.5.2 SARS-Cov全基因组序列分析
3.6研究结果
3.6.1使用RNAstructure软件预测的结果
3.6.2使用RNAdraw软件预测的结果
3.7分析与讨论
3.7.1 RNAstructure和RNAdraw预测RNA二级结构的比较分析
3.7.2 RNAstructure和RNAdraw计算预测结构的能量的比较分析
3.7.3 BJ01与TOR02预测结果的比较分析
3.7.4无意突变和有意突变对二级结构预测结果的影响
3.8本章小结
第四章使用MFOLD-3.1.2预测RNA二级结构
4.1引言
4.2软件简介
4.3运行平台及软件安装
4.3.1运行平台
4.3.2软件安装
4.4算法及能量参数
4.4.1软件算法
4.4.2基本算法的实现
4.4.3软件使用的能量参数
4.5参数设置与讨论
4.6软件性能与讨论
4.6.1讨论运算的序列长度与运算时间的关系
4.6.2讨论序列长度与RAM消耗的关系
4.7出现的问题和讨论
4.7.1安装中出现的问题与讨论
4.7.2运行中出现的问题与讨论
4.7.3 mfold-3.1.2中的不足和局限
4.8 MFOLD-3.1.2预测SARS-Cov的RNA二级结构
4.9 MFOLD-3.1.2与RNASTRUCTURE3.71预测结果的比较分析
4.9.1预测的最优RNA二级结构图的对比
4.9.2计算的最低能量值的比较分析
4.10本章小结
第五章推测反义作用的靶位
5.1引言
5.2反义技术概述
5.2.1反义RNA的调控方式
5.2.2人工设计的策略
5.2.3反义分子的人工合成方法
5.2.4反义技术的优点及存在的问题
5.3推测反义作用的靶位
5.3.1筛选反义作用靶位的策略
5.3.2筛选HIV-1基因组中的可能存在的反义作用靶位
5.3.3筛选SARS-Cov基因组中的可能存在的反义作用靶位
5.4分析与讨论
5.5本章小结
结 论
主要参考文献
致 谢
附录Ⅰ
附录Ⅱ
附录Ⅲ
附录Ⅳ
上海大学;
