计算机辅助药物设计在甾体类芳构酶抑制剂和HEPT类HIV-1逆转录酶抑制剂研究中的应用

摘要

计算机辅助药物设计(CADD)在药物的先导化合物的发现和开发过程中起着日益重要的作用.通过计算化学和计算生物学方法地运用,可以在原子水平上系统研究药物分子的物理化学性质以及药物和其受体的结合;信息学和统计学方法可以有效地处理越来越多地化学和生物信息,从而将其更好地运用到药物设计中去.因此CADD已被公认为一种高效的药物设计手段,在该论文中,我们对两类重要的抑制剂类药物,即甾体类芳构酶抑制剂和HEPT类HIV-1逆转录酶抑制剂进行了这方面的研究.

目录

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第一章计算机辅助药物设计概述

1.1引言

1.2药物先导化合物的发现

1.3计算机辅助药物设计的策略

1.3.1在药物小分子构效关系基础上的药物设计

1.3.2以受体的三维结构为基础的药物设计

1.3.3与组合化学相对应的计算机辅助药物设计

1.4展望

参考文献

第二章计算机辅助药物设计的基础理论和方法

2.1量子化学计算方法

2.1.1薛定谔方程

2.1.2从头计算(ab initio)方法

2.1.3半经验(semiempirical)量子化学计算方法

2.2分子力学

2.2.1引言

2.2.2理论方法

2.2.3构象分析方法

2.3定量构效关系

2.3.1引言

2.3.2维定量构效关系分析方法

2.3.33D-QSAR方法

参考文献

第三章19-取代雄甾二酮芳构酶抑制剂的定量构效关系研究

3.1引言

3.2计算方法

3.3结果和讨论

3.4结论

参考文献

第四章HEPT类HIV逆转录酶抑制剂的三位定量构效关系研究

4.1引言

4.2HIVRT及其抑制剂复合物的结构特征

4.3HIVRT抑制剂

4.4HEPT类HIV-1RT抑制剂的作用机制研究

4.4.1引言

4.4.2HEPT类似物与野生型HIV-1RT的作用机理

4.4.3HEPT类似物与突变株的HIV-1RT的作用机理

4.5研究的目的和方法

4.5.13D-QSAR研究

4.5.2分子对接(molecular docking)

4.6结果与讨论

4.6.1CoMFA模型

4.6.2CoMFA模型的立体、静电作用系数图

4.6.3分子对接后的3D-QSAR研究

4.6.4HIVRT-抑制剂相互作用自由能及抑制活性预测

4.6.5HIVRT-HEPT类抑制剂复合物及其相互作用机理研究

4.6.6研究化合物分子的构效关系解释

4.7结论

参考文献

作者简历

致谢

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