摘要
第一章 前言
1.1 山茶属植物个体内rDNA的多态性研究
1.1.1 山茶属植物简介
1.1.2 rRNA基因家族的结构与功能
1.1.3 rDNA基因家族的进化
1.1.4 rDNA在植物系统发育重建中的应用
1.1.5 山茶属植物ITS序列的研究进展
1.2 杜鹃红山茶的遗传结构
1.2.1 杜鹃红山茶简介
1.2.2 基因流与空间遗传结构
1.2.3 杜鹃红山茶及山茶空间遗传结构的相关研究
1.3 本研究的内容、目的与意义
第二章 香港红山茶个体内ITS多样性
2.1 引言
2.2 材料与仪器
2.2.1 实验材料
2.2.2 实验仪器
2.2.3 实验药品
2.2.4 实验软件
2.3 实验方法
2.3.1 改进的CTAB法提取总DNA
2.3.2 ITS序列扩增
2.3.3 PCR扩增产物回收与纯化
2.3.4 测序
2.3.5 PCR产物测序
2.3.6 序列分析
2.4 结果
2.4.1 ITS序列重组子及单倍型检测
2.4.2 序列特征
2.4.3 个体内多态性
2.4.4 GC含量,最小自由能以及二级结构
2.4.5 系统发育树
2.4.6 物种鉴定
2.5 讨论
2.5.1 ITS序列的重组检测
2.5.2 ITS的假基因序列的判断标准
2.5.3 个体内ITS的多态性
2.5.4 ITS的进化
2.5.5 物种鉴定
第三章 山茶属植物种间及个体内26S rDNA的多态性
3.1 引言
3.2 材料与仪器
3.2.1 实验材料
3.2.2 实验仪器
3.2.3 实验药品
3.2.4 实验软件
3.3 实验方法
3.3.1 改进的CTAB法提取总DNA
3.3.2 26S rDNA片段扩增及测序
3.3.3 序列分析
3.3.4 全基因组酶切、克隆rDNA并测序
3.4 实验结果
3.4.1 山茶属植物26S rDNA的序列特征
3.4.2 山茶属植物26S rDNA的多态性
3.4.3 山茶属植物26S rDNA的假基因
3.4.4 茶基因组内rDNA假基因的相对丰度
3.4.3 系统发育树
3.5 讨论
3.5.1 减少PCR介导的重组现象的方法
3.5.2 rDNA酶切及克隆
3.5.3 山茶属植物rDNA假基因的多态性
3.5.4 山茶属rDNA假基因的进化
3.5.5 山茶属rDNA假基因揭示的系统发育
第四章 杜鹃红山茶的空间遗传结构
4.1 引言
4.2 材料与仪器
4.2.1 实验材料
4.2.2 实验仪器
4.2.3 实验药品
4.2.4 实验软件
4.3 实验方法
4.3.1 改进的CTAB法提取总DNA
4.3.2 SSR引物筛选
4.3.3 杜鹃红山茶荧光SSR-PCR扩增
4.3.4 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳银染挑检PCR产物
4.3.5 带荧光标记的DNA分子片段检测
4.3.6 数据处理和分析
4.4 实验结果
4.4.1 杜鹃红山茶的遗传多样性
4.4.2 杜鹃红山茶的克隆生长
4.4.3 杜鹃红山茶亚种群间的分化
4.4.4 Bayesian推断的遗传结构
4.4.5 主成分分析的结果
4.4.6 瓶颈效应检测
4.4.7 空间自相关与空间遗传结构
4.4.8 最可能亲本分析与基因流
4.4.9 最小有效种群
4.5 讨论
4.5.1 杜鹃红山茶种群的遗传多样性
4.5.2 杜鹃红山茶种群内的基因流与遗传分化
4.5.3 杜鹃红山茶空间遗传结构模式及其原因
4.5.4 片段化生境对杜鹃红山茶种群的影响
4.5.5 杜鹃红山茶种群的有效种群大小及保护策略
第五章 结论和展望
5.1 主要结论
5.2 研究展望
参考文献
学习期间发表和拟发表的论文
致谢
附录
声明