上海市HIV-1主要流行株近全长序列分析与HIV/HCV合并感染者中HCV基因亚型的分布

摘要

人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)是导致人获得性免疫缺陷综合征(AIDS)的病原体。我国HIV/AIDS流行呈快速上升趋势。HIV分为HIV-1和HIV-2型，HIV-1的M群至少包含11个亚型，其中CRF01-AE重组型在全国所占比例也有所增加，在上海HIV-1CRF01-AE重组型为主要的流行株。HIV感染和丙型肝炎病毒感染有着相似的传播途径如经血传播、性传播和母婴传播，因此HIV和HCV混合感染很常见。 本研究中，我们应用巢式逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)方法，分段扩增HIV-1近全长基因组相应片段，进行克隆、测序，并进行遗传进化树和序列断点位置。我们还对186份HCV病毒载量大于1000拷贝/ml的来自于河南、云南、新疆维吾尔自治区、吉林和辽宁省HIV-1/HCV合并感染人群标本，用逆转录套式聚合酶链反应方法扩增病人血浆HCV核心基因区并进行基因亚型分型，同时检测病人的HIV-1和HCV载量以及CD4+T细胞计数。主要结果如下： 1、完成了5株HIV-1CRF01-AE、1株URF01-AE/B近全基因组克隆，建立了HIV-1CRF01-AE、URF01-AE/B近全基因组扩增平台。 2、系统进化树分析表明，所有5条近全长基因序列与CRF-01AE参考株聚在一起．pol、gag、env三个结构基因区的组内基因离散率均低于泰国分离株；所有克隆序列未出现基因水平的重组，对蛋白酶和逆转录酶的药物依然敏感。 3、一株为由CRF01_AE和HIV-1B’亚型嵌合组成，两者各占约50％。其多聚酶蛋白基因(Pol)和外膜糖蛋白基因(Env)区均有HIV-1B’亚型片段和CRF01_AE片段嵌合组成。2种亚型病毒DNA片段嵌合点的位置与过去报道的重组病毒株(CRF15_AE/B、CRF33_AE/B和CRF34_AE/B)均不同。 4、HCV不同基因亚型比例分别为1a(1.2％)，1b(39.9％)，2a(17.9％)，3a(10.4％)，3b(15.6％)，6a(1.2％)，6n(6.4％)和6型未鉴定亚型(7.5％)。 5、HCV1b(69例)和2a(31例)主要流行于河南省既往有偿献血浆人员中；3a(18例)和3b(26例)亚型主要流行于新疆和云南静脉注射吸毒人员(IDU)中；HCV6型(26例)主要流行于云南吸毒人员中； 6、1b型(69例)的HCV RNA水平显著高于非1b亚型(104例)(P＜0.05)，但在HIV-1载量和CD4+T细胞数方面没有显著性差异(P＞0.05)。2a亚型(31例)的HIV-1 RNA和HCV RNA水平显著低于非2a亚型(142例)(P＜0.05)。 7、HIV-1/HCV合并感染人群中HCV基因亚型的流行和分布与流行地区和感染途径有关。新的HCV6型亚型(13例)病毒株已经在合并感染的IDU人群中存在。HCV基因亚型与HIV感染的疾病进展之间无明显相关性研究。首次开展了上海市HIV-1CRF01-AE流行株、URF01-AE/B的近全基因组克隆及及序列测定，为本型病毒的病原学、变异特征、疫苗、诊断方法和致病机理的研究提供了基础。在此基础上，进一步研究了我国部分地区HIV-1和HCV合并感染人群中HCV基因亚型的流行、分布及其与HIV-1感染疾病进展的关系。

目录

文摘

英文文摘

论文说明：英文缩略词表

声明

第一部分上海市HIV-1主要流行株近全长序列分析

前言

(一)实验材料和方法

(二)结果

(三)讨论

参考文献

第二部分与上HIV/HCV合并感染者中HCV基因亚型的分布

前言

(一)实验材料和方法

二结果

(三)讨论

参考文献

总结

综述HIV流行、重组、变异及HIV-HCV合并感梁

附录

致谢