陆川猪和大白猪LEP、LEPR、IGFs基因SNP检测及其与部分生产性状的关联分析

摘要

以LEP、LEPR基因作为控制猪产仔性状和生长性状主基因的候选基因，以IGF-1、IGF-2基因作为控制猪生长性状主基因的候选基因，采用PCR-SSCP技术在陆川猪(公猪82头，母猪141头)和大白猪(公猪37头，母猪44头)群体中进行单核苷酸多态性(SNP)检测，分析这些基因的遗传多样性及突变位点基因型频率与基因频率。同时，结合母猪产仔性状记录和公猪生长性状记录，研究了LEP、LEPR不同基因型对产仔性状、生长性状的遗传效应和IGF-1、IGF-2不同基因型对生长性状的遗传效应，主要结果如下： 1．对猪LEP、LEPR、IGF-1、IGF-2基因做SNPs分析，在陆川猪和大白猪群体中均检测到了2个等位基因，3种基因型。经卡方检验表明，陆川猪LEP、IGF-1、IGF-2的基因型频率均符合Hardy-weinberg平衡，而LEPR的基因型频率极显著地偏离Hardy-weinberg平衡(P<0.01)；大白猪只有LEP的基因型频率符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律，LEPR、IGF-1、IGF-2的基因型频率均极显著地偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.01)。 2．LEP基因第3469位点的基因型效应对陆川猪断奶重和平均日增重影响均显著(P<0.05)，对大白猪初生重、断奶重和平均日增重影响均显著(P<0.05)，对陆川猪和大白猪的产仔数影响均不显著(P>0.05)；LEP基因第3714位点的基因型效应对陆川猪头胎和头4胎平均的总产仔数影响显著(P<0.05)，对头4胎平均的活产仔数影响显著(P<0.05)，而对大白猪产仔数影响不显著(P>0.05)。 3．LEPR基因外显子2座位的基因型效应对陆川猪头胎和头4胎平均的总产仔数和活产仔数影响均显著(P<0.05)，对大白猪头胎的总产仔数和活产仔数影响均显著(P<0.05)，对陆川猪和大白猪生长性状的影响均不显著(P>0.05)。 4．IGF-1基因外显子3座位的的基因型效应对陆川猪和大白猪的断奶重和平均日增重影响均显著(P<0.05)，对初生重的影响均不显著(P>0.05)。 5．IGF-2基因外显2座位的基因型效应对陆川猪的初生重和平均日增重影响均显著(P<0.05)，对断奶重的影响不显著(P>0.05)，对大白猪的初生重、断奶重、平均日增重影响均显著(P<0.05)。

目录

文摘

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声明

第一章文献综述

1.1 LEP(leptin)基因的研究进展

1.1.1 LEP的生物学特性

1.1.2 LEP对能量平衡及体重的调节作用

1.1.3 LEP对繁殖的调节作用

1.1.4 LEP作用机理

1.1.5 LEP基因的遗传变异研究

1.2 LEPR(leptin受体)基因的研究进展

1.2.1 LEPR的的生物学特性

1.2.2 LEPR的功能

1.2.3 LEPR的信号转导途径

1.2.4 LEPR基因的遗传变异研究

1.3 IGFs(胰岛素样生长因子)基因的研究进展

1.3.1 IGFs的发现

1.3.2 IGFs的结构和定位

1.3.3 IGFs对动物生长发育的调节

1.3.4 IGFs基因的遗传变异研究

1.4陆川猪简介及研究意义

1.4.1品种的形成

1.4.2体型外貌

1.4.3生产性能

1.4.4开展陆川猪生产性状分子生物学研究的意义

实验研究

前言

第二章材料和方法

2.1材料

2.1.1试验动物及样品的采集

2.1.2性状数据

2.1.3主要的实验仪器和器械

2.1.4主要试剂

2.1.5溶液配制

2.2方法

2.2.1猪耳组织基因组DNA提取

2.2.2 DNA浓度和纯度的检测

2.2.3 PCR扩增

2.2.4 SSCP分析

2.2.5 PCR产物的回收

2.2.6 PCR产物的克隆

2.2.7测序

第三章结果与分析

3.1基因组提取结果检测

3.1.1紫外分光光度计检测

3.1.2 DNA琼脂糖凝胶电泳检测

3.2 LEP基因

3.2.1 LEP基因的PCR-SSCP检测结果

3.2.2 LEP基因的等位基因频率和基因型频率

3.2.3 LEP不同基因型纯合个体的测序及比对

3.2.4 LEP基因两个SNPs与产仔数的关联分析

3.2.5 LEP基因T3469C SNP与生产性状的关联分析

3.3 LEPR基因

3.3.1 LEPR基因的PCR-SSCP检测结果

3.3.2 LEPR基因的等位基因频率和基因型频率

3.3.3 LEPR不同基因型纯合个体的测序及比对

3.3.4 LEPR基因多态性与产仔数的关联分析

3.3.5 LEPR基因多态性与生产性状的关联分析

3.4 IGF-1基因

3.4.1 IGF-1基因的PCR-SSCP检测结果

3.4.2 IGF-1基因的等位基因频率和基因型频率

3.4.3 IGF-1不同基因型纯合个体的测序及比对

3.4.4 IGF-1基因多态性与生产性状的关联分析

3.5 IGF-2基因

3.5.1 IGF-2基因的PCR-SSCP检测结果

3.5.2 IGF-2基因的等位基因频率和基因型频率

3.5.3 IGF-2不同基因型纯合个体的测序及比对

3.5.4 IGF-2基因多态性与生产性状的关联分析

第四章讨论

4.1关于LEP基因多态性与生产性状之间的关系

4.2关于LEPR基因多态性与产仔性状之间的关系

4.3关于IGF-1、IGF-2基因多态性与生长性状之间的关系

第五章结论

参考文献

致谢

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