猪FRZB、ABCF1、IGFBP2和BMP-3b基因SNPs检测及其与生产性状的关联分析

摘要

随着分子遗传学和分子生物学的发展，分子标记辅助选择已广泛应用于动物育种中，其中SNP（single nucleotide polymorphism，单核苷酸多态性）是目前研究和应用最广的分子标记。本研究选取了猪FRZB(Frizzled motif associated with bonedevelopment)、ABCF1(ATP-binding cassette subfamily F member1)、IGFBP2(Theinsulin-like growth factor binding protein2，胰岛素样生长因子结合蛋白2)和BMP-3b（Bone morphogenetic protein-3b，骨形态发生蛋白3b）四个候选基因进行了SNP检测及性状关联分析，取得以下结果:
　　(1)FRZB基因编码分泌型卷曲相关蛋白3(sFRP3)，属于SFRP家族中的一员，在胚胎发育中起到了重要的作用;已有研究发现该基因存在三个SNP位点，本研究利用PCR技术对该基因5'端调控区转录起始位点上游-532bp处插入型SNPg.1541_1542 ins322(KF112870.1)进行验证，在470头美系大白猪群体中关联分析发现该位点与背膘厚性状呈极显著相关(p＜0.01)。
　　(2)ABCF1是一类跨膜转运蛋白，已有研究表明ABCF1基因5'端调控区转录起始位点上游-254bp处A/G SNP g.8472 A＞G(NC_010449.4)与初生重性状关联，本研究利用MspⅠ-RFLP方法在630头美系大白猪群和576头法系大白猪群对该SNP进行了验证，在美系大白猪群中该SNP与背膘厚和乳头数均呈显著相关(p＜0.05)，在法系大白猪群中该SNP与初生重呈显著相关(p＜0.05)。
　　(3)IGFBP2是IGFBP家族的一员，通过与胰岛素样生长因子结合进行转运，并作用于肌肉等靶组织，促进动物生长和发育;本研究利用MspⅠ-RFLP方法对该基因第三内含子g.171C＞T(GenBank Accession No.BV727778)进行了SNP检测，在383头大×梅F2代猪群体中关联分析结果发现该位点与背膘厚、眼肌高、眼肌宽、骨率和pH(LD)等性状呈极显著相关(p＜0.01)，与眼肌面积、肥肉率、瘦肥比、花油、色值(LD)和色值(BF)等性状呈显著相关(p＜0.05)。
　　(4)BMP-3b调控骨的生成，并且在胚胎发育中起着重要作用，本研究发现了BMP-3b基因翻译起始位点ATG后546bp处存在SNP g.7925 A＞G(ID_100519926)位点，并建立了AlwN1-RFLP检测方法，在399头大×梅F2代猪群体关联分析表明该位点与背膘厚、眼肌高、板油重和肌内脂肪含量呈显著相关(p＜0.05)，与色值(LD)、色值(BF)和大理石评分(LD)呈极显著相关(p＜0.01)。
　　本研究通过初步了解这些基因SNP位点与猪生产性状之间的关系，并筛选了与猪生长、肉质等性状显著相关的分子标记，为猪重要经济性状的分子标记辅助选择提供理论依据。

目录

论文说明

声明

摘要

第一章 文献综述

1．1 引言

1．2 SNP检测方法

1．2．1 以凝胶电泳为基础的SNP检测方法

1．2．2 高通量SNP检测方法

1．3 猪重要经济性状主效基因和重要SNP研究概况

1．4 拟研究基因的研究进展

1．4．1 FRZB(Frizzled motif associated with bone development)基因研究进展

1．4．2 ABCF1(ATP-binding cassette subfamily F member 1)基因研究进展

1．4．3 IGFBP2(The insulin-like growth factor binding protein 2)基因研究进展

1．4．4 BMP-3b(Bone morphogenetic protein-3b)基因研究进展

1．5 本研究的目的和意义

第二章 材料和方法

2．1 试验材料

2．1．1 试验猪群及性状测定

2．1．2 所用试剂及药品

2．1．3 所用仪器和设备

2．1．4 主要生物学软件

2．2 试验方法

2．2．1 猪FRZB、ABCF1、IGFBP2、BMP-3b基因多态性与遗传效应分析

第三章 结果与分析

3．1 猪FRZB基因的SNP检测及其与生产性状关联分析

3．1．1 猪FRZB基因的SNP的检测

3．1．2 大白猪群中基因型频率的检测结果

3．1．3 猪FRZB基因型与生产性状的关联分析

3．2 猪ABCF1基因的SNP检测及其与生产性状关联分析

3．2．1 猪ABCF1基因254A／G SNP位点的MspⅠ-RFLP分型

3．2．2 猪ABCF1基因型频率的检测结果

3．2．3 猪ABCF1基因型与生产性状的关联分析

3．3 猪IGFBP2基因的SNP检测及其与生产性状关联分析

3．3．1 猪IGFBP2基因intron3位点g.171C〉T的MspⅠ-RFLP分型

3．3．2 猪IGFBP2基因型频率的检测结果

3．3．3 猪IGFBP2基因型与胴体和肉质性状的关联分析

3．4 猪BMP-3b基因的SNP检测及其与性状关联分析

3．4．1 猪BMP-3b基因ATG后546bp位点的ALWNⅠ-RFLP基因型分型结果

3．4．2 猪BMP-3b基因型频率的检测结果

3．4．3 猪BMP-3b基因型与胴体性状和肉质性状的关联分析

第四章 讨论

4．1 脚基因5’非翻译区ins(A-532G)多态性的遗传效应分析

4．2 ABCF1基因254A／G MspⅠ-RFLP多态性的遗传效应分析

4．3 IGFBP2基因intron3位点g.171C〉T MspⅠ-RFLP多态性的遗传效应分析

4．4 BMP-3b基因ATG后546bp AlwNⅠ-RFLP多态性的遗传效应分析

第五章 小结

下一步的工作

参考文献

致谢