虾夷扇贝fosmid文库构建及WGP物理图谱构建策略的初步评估

摘要

虾夷扇贝(Patinopectenyessoensis)主产地主要位于日本的北部、俄罗斯远东及朝鲜半岛北部沿海等区域。因其品质良好,在1982年引进中国后迅速成为我国重要的海洋经济贝类之一,在海水养殖产业中占据着极其重要的地位。随着第二代高通量测序技术(NGS)的发展,在基因组水平深入了解一个物种已逐渐变得简单、快捷、低成本。目前,有关虾夷扇贝的基因组学研究正在深入开展。物理图谱在辅助基因组序列拼接和功能基因图位克隆等方面都发挥着重要作用。为了配合虾夷扇贝全基因组序列组装,本研究构建了一个覆盖虾夷扇贝基因组3.3X的Fosmid文库,它为虾夷扇贝物理图谱的构建、基因组测序工作的顺利进行、以及遗传图谱、物理图谱的整合奠定基础。
　　本文还对虾夷扇贝Fosmid文库部分克隆,使用序列特异性标签的混合全基因组(Whole genome profiling,WGP)方法进行了虾夷扇贝物理图谱构建策略的初步探索,确定了以8张384孔板的克隆混合为一个超级池的混池策略,构建了基于BsaXI和FspEI两种IIB型限制性内切酶的2b-RAD测序文库,对酶切标签进行高通量测序,成功实现了混合池内的单克隆解码,解码率达到88％以上,同时利用FPC软件对解码得到的单克隆进行了初步拼接。本研究初步证明了使用WGP方法构建虾夷扇贝物理图谱的可行性,为虾夷扇贝物理图谱构建及辅助基因组拼接打下了基础。

目录

封面

声明

中文摘要

英文摘要

目录

一 文献综述

0引言

1双壳贝类基因组的研究现状

1.1 基因组的特点

1.2虾夷扇贝的国内外研究现状

2基因组文库的研究进展

2.1基因组文库主要大片段文库

2.2 大片段基因组文库的应用

3 第二代高通量测序技术

3.1第二代高通量测序技术简介

3.2高通量测序技术的应用

二 虾夷扇贝fosmid文库的构建

0引言

1 材料与方法

1.1材料及试剂盒

1.2仪器

1.3试剂

1.4方法

1.5 插入片段大小的检测

2 结果分析

2.1虾夷扇贝高质量DNA的获得

2.2目的片段的获取

2.3噬菌体的包装与转导

2.4获取、保存克隆

2.5构建二级池、超级池

2.6插入片段大小与覆盖率检测

3 讨论

3.1虾夷扇贝DNA的制备与高质量目的片段的获取

3.2 Fosmid文库构建的意义

三 WGP物理图谱构建策略的初步评估

1材料方法

1.1 质粒提取

1.2 2b-RAD测序文库构建

1.3 测序数据分析（以8张384孔板，BsaXI酶切标签为例）

2 结果与分析

2.1解码信息统计

2.2 不同Cutoff Score 条件下FPC拼接结果

3 讨论

3.1 混合全基因组物理图谱构建策略

3.2 对单克隆解码结果的分析

3.3 单克隆所含的标签数分布及标签深度分布分析

3.4 FPC拼接条件及结果分析

参考文献

致谢

个人简历