声明
摘要
第一章 文献综述
1 DNA测序技术发展与测序原理
2 细胞器基因组的分析方法与软件
2.1 细胞器基因组的拼接
2.2 细胞器基因组的注释
3 海水与淡水红毛菜系统分类学的研究进展
4 本论文的研究目的及意义
第二章 暗紫红毛菜DNA的提取、高通量测序、组装、注释及分子鉴定
1 前言
2 材料与方法
2.1 材料
2.2 总DNA的提取
2.3 DNA建库及高通量测序
2.4 两株红毛菜细胞器组装
2.5 基因组SNP发掘与序列校正
2.6 细胞器基因组注释
2.7 两株红毛菜分类类群的分子鉴定
3 结果
3.1 总DNA的电泳检测
3.2 总DNA Qubit定量检测
3.3 Caliper文库检测
3.4 测序数据报告
3.5 拼接结果
3.6 细胞器基因组特征
3.7 基因组SNP检测结果
3.8 两株红毛菜分类类群的分子鉴定
第三章 红毛菜目细胞器基因系统发育分析及分歧时间推断
1 已测序红毛菜科细胞器基因组系统发育分析
1.1 红藻叶绿体基因组重要的非编码RNA——tmRNA
1.2 基于全细胞器基因组保守序列的快速构建比对文件方法
1.3 全细胞器基因组比对序列构建结果
1.4 系统发育分析
2 红毛菜科藻类进化分歧时间推断
2.1 使用软件与方法
2.2 分歧时间推断结果
3 淡水红毛菜的起源与进化
4 讨论
参考文献
致谢