基于转录组信息的玫瑰SSR标记开发及野生玫瑰遗传多样性分析

摘要

玫瑰（Rosa rugosa）是蔷薇属重要的观赏植物，具有重要的观赏价值、经济价值和育种价值。本研究以玫瑰转录组数据为基础，对玫瑰转录组SSR位点进行了搜索和特征分析，在此基础上挑选了48对SSR引物进行了多态性筛选，最终开发出19对稳定的多态性引物。利用开发的引物对产自牟平和珲春的46份野生玫瑰材料进行了遗传多样性分析。主要研究结果如下：
　　1.在玫瑰转录组数据库中共检索出16,212个SSR位点，发生频率（含SSR的unigene数与总unigene数之比）为17.94％，出现频率（检索出的SSR个数与总unigene数之比）为22.70%；平均每4.21Kb出现一个SSR位点。
　　2.玫瑰转录组SSR基序类型中单核苷酸重复最多，占总SSR位点的40.49%；双核苷酸和三核苷酸重复次之。单核苷酸基序重复次数以12~16次为主，而多核苷酸重复基序重复次数以5~9次为主。基序组成中数量最多的是双核苷酸重复的AG/CT基序（5,495个），占全部SSR的33.89%；其次为单核苷酸重复的A/T基序。植物中SSR位点的优势基序类型存在物种特异性，而相同重复基序类型SSR位点的优势基序组成相同，这可能与基因密码子的偏好性有关。
　　3.设计了7536对引物，随机挑选了48对覆盖了单核苷酸至六核苷酸及复合型SSR位点七种重复类型的引物进行了引物筛选，共筛选出19对可用的多态性引物，引物开发效率为39.58%。含有五核苷酸和六核苷酸重复基序SSR位点的引物开发效率较高，分别为83.33%和71.43%。
　　4.利用开发的SSR引物对46份产自牟平和珲春的野生玫瑰材料（每个产地23份）进行了遗传多样性分析，结果表明牟平野生玫瑰的多态性条带数、平均遗传距离、Nei’s遗传多样性指数和Shannon信息指数等各项遗传多样性指标均高于珲春野生玫瑰，说明牟平野生玫瑰的遗传多样性比珲春野生玫瑰更丰富。通过和前人的研究结果进行比较，发现野生玫瑰的遗传多样性显著低于玫瑰品种。

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1 引言

1.1 植物分子标记技术

1.2 SSR分子标记的开发与应用

1.3 玫瑰分子标记研究进展

1.4 本研究的目的意义

2.材料与方法

2.1 材料

2.2 试剂与仪器

2.3 试验方法

3.结果与分析

3.1玫瑰转录组SSR信息分析

3.2基于转录组信息的玫瑰SSR引物的开发

3.3野生玫瑰遗传多样性的SSR分析

4.讨论

4.1玫瑰转录组SSR位点特点

4.2基于玫瑰转录组数据开发SSR标记的开发效率

4.3基于SSR标记的野生玫瑰遗传多样性

5.结论

参考文献

致谢