H1N1亚型猪流感病毒的遗传进化分析

摘要

猪流感（Swine influenza，SI）是由猪流感病毒(Swine influenza virus，SIV）引起的一种高度接触性传染的猪呼吸道疾病。临床主要表现为咳嗽、呼吸困难、发热、不同年龄、性别和品种的猪均能感染，是当今规模化猪场普遍存在且难以根治的群发性疾病。由于猪同时具有禽流感病毒和人流感病毒的唾液酸受体，常被认为是产生新型重配病毒的“混合器”。SIV在猪群中以H1N1、H1N2和H3N2为主要流行亚型，因此，开展对H1N1亚型SIV的遗传演化分析具有重要意义。 本研究为了解鲁西地区猪群中SIV的流行情况，在最近3年期间，对鲁西地区不同养殖场和生猪屠宰场采集鼻拭子样品共计1500份。样品接种于10日龄非免疫鸡胚进行分离、鉴定，共分离到5株H1N1亚型SIV。通过对分离株进行全基因组测序以及遗传进化分析，发现5株病毒基因呈现两种基因型。其中SW/SD/LC9/17毒株的PB2、PB1、PA和NP基因来源于pdm/09H1N1病毒，HA、NA和M基因来源于EA H1N1病毒，NS基因来源于CS H1N1病毒。另外4株病毒SW/SD/JN3/16、SW/SD/LC15/17、SW/SD/HZ18/18和SW/SD/HZ22/18的PB2、PB1、PA、NP和M基因来自于pdm/09H1N1病毒，HA和NA来自于EA H1N1病毒，NS基因来源于CS H1N1病毒。均是源于EA H1N1、pdm/09H1N1和CS H1N1形成的重排毒株。对5株SIV分离株HA基因氨基酸序列关键位点进行分析后发现，3株病毒其蛋白受体结合位点均发生了G225E（以H3为标准）的变异，表明都可以与Saα-2，6-Gal受体结合，其在HA裂解位点上都只存在1个R残基，属于低致病性毒株的氨基酸特征。

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Abstract

1 前言

1.1 猪流感的流行概况

1.1.1类禽型SIV

1.1.2 经典型 SIV

1.1.3 类人型 SIV

1.1.4 其他亚型 SIV

1.2猪流感病原、致病性以及分子基础研究

1.2.1猪流感病毒

1.2.2 SIV的致病性

1.2.3 SIV的分子基础研究

1.3 SIV基因组及主要结构

1.4 SIV基因所编码蛋白的结构与功能

1.4.1血凝素（hemagglutinin，HA）

1.4.2神经氨酸酶（Neuraminidase，NA）

1.4.3核蛋白（Nucleoprotein，NP）

1.4.4基质蛋白（Matrix Protein，M）

1.4.5非结构蛋白（Nonstructural protein，NS）

1.4.6聚合酶蛋白（Polymerase）

1.5 SIV的复制

1.6 SIV种间传播机制

1.7 SIV的抗原变异

1.9本研究的目的和意义

2 材料与方法

2.1材料

2.2 主要试剂及引物

2.3 方法

2.3.1 样品的采集及处理

2.3.2 病毒的分离与纯化

2.3.3病毒RNA的提取及反转录

2.3.4病毒亚型鉴定、基因片段的PCR扩增及产物回收

2.3.5病毒全基因序列测定

2.3.6序列的拼接与分析

3 结果

3.1 病毒的分离鉴定及全基因组扩增

3.2 HA基因的分析

3.2.1 核苷酸的遗传进化分析

3.2.2 同源性分析

3.2.3 氨基酸序列分析

3.3 NA基因的分析

3.3.1 核苷酸的遗传进化分析

3.3.3 氨基酸的序列分析

3.4 PB2基因的分析

3.4.1 核苷酸的遗传进化分析

3.4.2 同源性分析

3.5 PB1基因的分析

3.5.1核苷酸的遗传进化分析

3.5.2 同源性分析

3.6 PA基因的分析

3.6.1核苷酸的遗传演化分析

3.6.2同源性分析

3.7 NP基因的分析

3.7.1核苷酸的遗传进化分析

3.7.2同源性分析

3.8 M基因的分析

3.8.1核苷酸的遗传进化分析

3.8.2同源性分析

3.9 NS基因的分析

3.9.1核苷酸的遗传进化分析

3.9.2同源性分析

3.10病毒8个基因节段的基因组成分析

4 讨论

5 结论

参考文献

致谢