中国东北地区蜱虫携带新型圆环病毒的分子检测

摘要

目的： 本研究通过PCR技术对蜱虫进行分类以及对圆环病毒相关序列测序分析，了解中国东北地区不同种类蜱虫携带圆环病毒的情况。经过比对分析全基因组序列、蛋白序列和系统进化树，得到两个圆环病毒基因序列，与已知的圆环病毒基因组有远亲关系，可能代表圆环病毒家族的新物种。本研究中也对不同蜱虫样本圆环病毒感染情况进行验证，在长角血蜱和草原硬蜱中可以检测出本研究中发现的新型圆环病毒，并研究其传播媒介，为疾病的特异性诊疗奠定基础。 方法： 1.在2016年4月～2016年9月期间，在吉林省和黑龙江省2个地区的林场采集了11589只蜱虫样本作为研究对象，通过对蜱虫样本的形态学和分子生物学鉴定对收集到的蜱虫样本进行分类。 2.随机挑选不同分类中的蜱虫样本共计1840只进行病毒宏基因组学测序。 3.利用病毒宏基因测序结果设计引物对新型圆环病毒进行PCR验证，再进行全基因组序列分析、蛋白序列分析和系统进化树分析。 结果： 1.在本研究中，从吉林省和黑龙江省收集蜱虫样本11589只蜱，PCR鉴定发现共有6个蜱虫种类，其中最多的是长角血蜱（Haemaphysalis longicornis）占32.4%，其次是全沟硬蜱（Ixodes persulcatus）占21.0%，草原硬蜱（I.crenulatus）占19.2%，嗜群血蜱（H.concinna）占14.4%，草原革蜱（Dermacentor nuttalli）占7.5%，森林革蜱（D.silvarum）占5.5%。 2.根据蜱虫样本分类结果，随机选取1840只蜱，按种类分为6组，进行病毒宏基因组学分析，发现新型圆环病毒，通过对比注释的哺乳动物病毒的序列，发现30个重叠群靶向乌鸦圆环病毒基因组（GenBank登录号DQ146997），同源性高达76％-85％。3.在中国东北地区蜱虫样本中基于病毒宏基因组测序数据获得的新型圆环病毒序列，经过PCR验证鉴定为两个环状ssDNA基因组，分别命名为TiCV-1和TiCV-2。序列分析显示，这两个序列与乌鸦圆环病毒具有相似的基因组结构，其基因组分别由为1936 nt和1812 nt组成，并且分别包含两个主要ORF，ORF1和ORF2，分别编码假定的复制酶和衣壳蛋白。预测在圆环病毒两个ORF之间的区域存在茎环结构。2个新型圆环病毒序列比较表明，TiCV-2基因组与TiCV-1基因组几乎完全相同，除两处缺失和几处突变外，与乌鸦圆环病毒基因组的同源性高达76％-85％。TiCV-1仅在长角血蜱中检测到，感染率为3.1％（95％CI，1.8-4.9％），TiCV-2仅在草原硬蜱中检测到，感染率0.6％（95％CI，0.1-1.9％）。 结论： 1.本研究为东北地区蜱虫种类分布情况补充了关键的基础性相关数据。 2.宏基因组测序获得的两株圆环病毒的全基因组序列为新型圆环病毒。 3.所分离鉴定的新型圆环病毒与乌鸦圆环病毒具有较高的同源性，可能存在远亲关系。

目录

缩 略 语 表

插图和附表清单

1引言

2材料与方法

2.1研究对象

2.2主要试剂

2.3主要仪器及来源

2.4实验方法

2.5 序列分析

2.6 统计分析

3结果

3.1蜱虫样本的分类结果

3.2病毒宏基因测序

3.3 新型圆环病毒

3.4蜱圆环病毒的感染率

4讨论

5结论

综述:蜱传病毒与病毒宏基因组学研究进展

致谢

作 者 简 介

声明