SARS冠状病毒基因组及其编码结构蛋白的生物信息学研究

摘要

目的：目的SARS-CoV是冠状病毒的一个新的变体.目前,我们对这种新型的冠状病毒的一些结构、功能等特性还不完全清楚.该研究的目的在于应用生物信息学方法分析不同地区来源的SARS-CoV全基因组序列的变异特征及碱基易变性,通过进化树结合序列间共有变异分布,分析SARS-CoV的地区进化与疾病流行特点.分析S蛋白、N蛋白、M蛋白、E蛋白等四个主要结构蛋白的分子生物学特征和突变状况,以及基因突变对不同地区来源的SARS-CoV病毒株各结构蛋白的结构与功能的影响,为以后的疫苗开发等提供依据.结论59个SARS-CoV全基因组序列具有较高的同源性,来自中国内地病毒株的变异度较高,而来自台湾、意大利的序列变异度相对较低.动物来源的毒株与人源毒株具有极其密切联系.SARS-CoV全基因组序列的5'端相对保守,而3'端变异较活跃.腺嘌呤和胸腺嘧啶相对于胞嘧啶和鸟嘌呤来说,更易发生变异.碱基变异存在时间和地区特征.有四分之三的毒株的S蛋白没有发生突变,S蛋白还是比较保守的.所出现的变异和突变主要发生在来自广东、上海、北京及香港等

目录

缩略语对照表

第一部分SARS冠状病毒全基因组序列的生物信息学分析

前 言

材料来源

分析方法

结 果

1.不同地区来源的SARS-CoV全基因组序列变异数量分布

2.SARS-CoV全基因组序列碱基变异位点分布

3.SARS-CoV基因组碱基易变异性统计

4.不同地区来源的SARS全基因组序列共变异分析

5.不同地区来源的SARS-CoV基因组的进化分析

讨 论

1.不同来源的SARS-CoV全基因组序列碱基变异的特点

2.SARS-CoV碱基变异在全基因组序列序列上的分布特点

3.不同地区来源的SARS-CoV进化特点

结 论

参考文献

第二部分SARS冠状病毒推测S蛋白的生物信息学研究

前 言

材料与方法

结 果

1.SARS-CoV推测S蛋白的一般物理特性和生物学特征

2.SARS-CoV推测S蛋白编码序列(CDS)的变异

3.SARS-CoV推测S蛋白氨基酸序列突变统计

4.SARS-CoV推测S蛋白的结构功能域预测

5.不同地区来源SARS-CoV的S蛋白的Motif预测

6.不同地区来源SARS-CoV的S蛋白的抗原决定簇预测

讨 论

1.SARS-CoV推测S蛋白的特征以及序列变异差异

2.基因突变对不同地区来源毒株S蛋白结构功能区的影响

3.基因突变对SARS-CoV的S蛋白motif的影响

4.基因突变对S蛋白抗原决定簇的影响

结 论

参考文献

第三部分SARS-CoV结构蛋白功能结构的生物信息学研究

前 言

材料与方法

结 果

1.SARS-CoV结构蛋白的物理特征和生物学特征

2.SARS-CoV结构蛋白CDS的变异

3.SARS-CoV结构蛋白氨基酸序列的突变

4.SARS-CoV结构蛋白的结构功能域预测

5.不同地区来源SARS-CoV结构蛋白的Motif预测

6.不同地区来源SARS-CoV结构蛋白的抗原决定簇预测

讨 论

1.SARS-CoV结构蛋白的特点比较

2.SARS-CoV的结构蛋白的突变特点分析

3.基因突变对SARS-CoV结构蛋白的结构功能域的影响

4.基因突变对SARS-CoV结构蛋白的Motif及抗原决定簇的影响

结 论

参考文献

本研究的创新点

致 谢

综 述

个人简介

在学期间发表的论文、论著以及获奖情况