柯萨奇病毒B5基因组进化存在结构蛋白编码区VP4的重组

摘要

cqvip:目的重组是肠道病毒进化的重要机制,大多数重组事件发生在包括P2和P3的肠道病毒的非编码区中,但是在埃可病毒30株中首次发现了作为蛋白质编码区的VP4区域中的重组,本研究旨在探讨柯萨奇病毒B5(CVB5)中是否存在类似的重组事件。方法从GenBank中检索CVB5的核苷酸序列,分别在5′UTR和VP1区域中进行系统发育分析。此外,跨越5′UTR-VP4-5′VP2的部分基因组用于检测重组并使用序列相似性作图(Similarity plot)来分析重组体。结果5′UTR和VP1系统发育树显示5′UTR和VP1之间有4个病毒株位于不同簇中,表明这些病毒株中存在重组事件。Similarity plot分析表明,CVB5 AY875692的5′UTR-VP4-5′VP2区域存在交叉,序列分析证明VP4区域存在重组位点。结论CVB5在VP4区域具有重组事件,表明结构蛋白编码区亦可作为CVB5重组的候选基因位点。