文摘
英文文摘
1 文献综述
1.1 背景介绍
1.2 七鳃鳗的生态学和胚胎发育特征
1.3 七鳃鳗进入基因组时代
1.4 七鳃鳗免疫系统解剖学和系统发生学的研究进展
1.4.1 七鳃鳗发育过程中淋巴造血位点的改变
1.4.2 七鳃鳗是否具有胸腺
1.5 七鳃鳗中类淋巴细胞的出现
1.6 七鳃鳗中抗体存在的线索
1.7 免疫球蛋白超家族类分子在非脊椎动物中的发现
1.8 无颌类脊椎动物中特异性抗原识别分子--VLRs
1.9 结语
2 基于生物信息学的基因/蛋白质序列分析
2.1 生物信息学概述
2.2 分子进化过程的生物信息学分析的相关概念简介
2.2.1 序列比对(Sequence Alignment)
2.2.2 分子进化与系统发育分析
2.2.4 应用生物信息学方法分析基因或蛋白分子的方法和步骤
2.3 生物信息学预测分子进化历程中存在的问题及发展前景
3 七鳃鳗VLRs分子进化起源问题分析
3.1 引言
3.2 数据的获得
3.3 VLRs序列的比对分析
3.3.1 VLRs一级序列的比对分析
3.3.2 对LRRVs序列保守性预测
3.3.3 对VLRs序列的二级结构的分析
3.3.4.对VLRs分子空间结构建模
3.3.5 VLRs分子疏水性预测
3.3.6 VLRs分子平均柔曲性分布情况
3.4 结果与讨论
3.4.1 VLRs数据的检索
3.4.2 VLRs分子结构的预测
3.4.2 VLRs分子疏水性的预测
3.4.3 VLRs分子平均柔曲性分布预测
3.5 VLRs序列保守性分析
4 无颌类脊椎动物VLRs分子的形成机制
4.1 引言
4.2 VLR胚系基因成熟的过程
4.2.1 T/B淋巴细胞表面受体TCR/BCR的形成机制
4.2.2 无颌类脊椎动物中VLRs分子的可能形成机制
4.3 结果与讨论
5 七鳃鳗中富含LRR模块分子的归类分析
5.1 关于富含LRR模块分子的介绍
5.2 七鳃鳗中富含LRRs结构蛋白质数据的获得
5.2.1 数据的检索
5.2.2 七鳃鳗TLR-like序列的生物信息学分析
5.2.3 对七鳃鳗血小板糖蛋白GPI分子的分析
5.3 总结与讨论
6 七鳃鳗中含LRR序列家族成员进化树的构建
6.1 数据的获得
6.2 进化树的构建
6.3 血小板糖蛋白受体
6.4 讨论
7 对VLR分子起源与进化问题的讨论
7.1 背景知识介绍
7.2 适应性免疫系统的进化历程
7.3 VLRs分子的起源与进化问题
全文总结
参考文献
附录
附录1 FASTA格式的VLRs氨基酸序列
附录2 七 鳃鳗中TLR分子氨基酸序列
附录3 构建TLR系统发生树中TLR分子的氨基酸序列
附录4 编码GPIX的EST序列及编码的氨基酸序列
附录5 编码GP1BA的EST序列及编码的氨基酸序列
附录6 编码GP1BB的EST序列及编码的氨基酸序列
附录7 血小板糖蛋白家分子的族氨基酸一级序列
附表8 LRRVe保守序列
攻读硕士学位期间发表学术论文情况
致谢