基于web管理系统计算识别RNA编辑位点及其生物学特性分析

摘要

真核细胞中的 mRNA转录本通常会经历多种转录后调控事件，比如：选择性剪接和RNA编辑事件。近年来大量研究表明 RNA编辑事件的发生和人类疾病密切关联，尤其是与癌症的发生发展有关，但RNA编辑事件如何作用于肿瘤基因致其发生改变依然不得而知。随着二代RNA-Seq技术的不断发展，测序工作所处理和产生的数据量逐渐变得庞大，RNA编辑研究工作变得越发繁琐和困难。因此本文通过构建web端管理系统来识别计算RNA编辑事件并对其进行生物学功能分析，该系统大大降低重复性工作的次数并大幅提高数据处理的效率。
　　为了识别和管理肿瘤特异性RNA编辑位点，研究利用PHP、Perl以及Mysql数据库搭建了特异性位点管理系统，其能够实现识别错配事件类型、有效的搜集位点信息并实现增删改查、假阳性位点过滤、引用Fisher精确检验法计算癌中和癌旁组织中RNA编辑位点的编辑效率是否存在特异性等问题。结果发现结直肠癌中有66个特异性编辑位点，其中位于内含子区域的有9个，位于3’UTR区的有53个；肾癌中有17个特异性编辑位点，其中位于内含子区域的有7个，位于3’UTR区的有10个；心癌中有171个特异性编辑位点，其中位于CDS区域的有1个，位于内含子区域的有65个，位于3’UTR区的有96个；而在卵巢癌组织中只发现35个特异性编辑位点，其中有1个位于内含子区域，31个位于3’UTR区。之后分别针对其底物基因进行GO富集度分析，发现大多数基因和肿瘤的进程相关。最后使用miRanda软件进行靶向基因预测发现hsa-miR-200a和hsa-miR-150两个miRNA分别通过与VHL和CFLAR靶向基因的结合来影响结直肠癌的病发。

目录

声明

第一章 绪论

1.1 RNA测序的介绍

1.2 RNA编辑的国内外研究现状

1.3研究背景

1.4研究意义

1.5本文工作

1.6本文结构安排

第二章 RNA编辑管理系统的设计与开发

2.1 背景技术以及样本数据简介

2.2 RNA编辑管理系统的总体设计

2.3基于web的RNA编辑管理系统的构建

2.4 系统安全策略和部署

2.5 系统的运行报告

2.6本章小结

第三章 RNA编辑位点的特性分析

3.1特异性RNA编辑位点的区域分析

3.2 特异性RNA编辑位点的编辑水平分析

3.3 特异性RNA编辑位点的GO和KEGG分析

3.4 特异性RNA编辑位点对miRNA的影响

3.5 本章小结

第四章 总结和展望

参考文献

致谢

附录