477份常规水稻品种的遗传多样性和群体结构分析

摘要

水稻作为世界上比较重要的粮食作物之一，发掘控制稻米品质优异基因并进一步用于水稻遗传育种具有十分重要的意义。本论文以477份水稻材料为研究对象，构建一个自然变异群体，研究该群体的遗传多样性，并深入研究其群体结构。以期以后对水稻相关性状的关联分析奠定一定的基础。主要研究结果如下:
　　 1、44个随机引物中共扩增出186个等位基因位点，平均每个位点4.227个等位基因。各材料间不同位点的等位基因数大多不等，范围2(RM6297)-9(RM1235); SSR水平的基于Nei's基因多样性指数平均为0.2351。引物的PIC值最大为0.6707(RM215和RM495)，最小为0.0719（RM44），变化幅度较大，表明参试水稻群体具有较丰富的遗传多样性。观察每条染色体上的PIC值，各染色体间不同，第5染色体最高为0.60，第12染色体最低为0.11。各染色体PIC值的不同表明染色体代表的遗传多样性信息不同，也许可以作为水稻染色体进化程度的衡量尺度之一。
　　 2、基于混合模型的STRUCTURE和NTSYS聚类分析，结果表明整套材料可以分为典型性粳稻地方品种和典型性籼稻地方品种两个亚类。在两个亚群内，含有部分中间型品种，其中在粳稻类群中混入的表型性状判定为籼稻的品种数为90份，在籼稻类群里混入的表型性状判定为粳稻的品种数为95。因此，需要一种更加准确有效的方法对这类籼粳进行鉴定。进一步分析两个亚类发现，粳稻亚类又可以分为两个亚亚类，籼稻亚类又可以分为5个亚亚类。说明籼亚类的遗传结构比粳亚类的遗传遗传结构更复杂。

目录

声明

摘要

1 综述

1．1 基因定位概念和意义

1．2 基因定位的方法

1．2．1 基于连锁作图的QTL定位分析

1．2．2 基于连锁不平衡的关联分析

2 实验分析

2．1 材料与方法

2．1．1 实验材料

2．1．2 试验方法

2．1．3 总DNA的提取及质量检测

2．1．4 PCR扩增引物的可行性分析

2．1．5 PCR扩增

2．1．6 聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)检测扩增产物

2．1．7 扩增产物的带型读取

2．1．8 数据分析

2．2 结果与分析

2．2．1 DNA提取样品的质量检测

2．2．2 扩增产物及扩增引物的可行性分析结果

2．2．3 扩增产物的读带结果

2．2．4 477份水稻群体的遗传多样性分析

2．2．5 水稻不同染色体进化分析和同一染色体不同引物间连锁不平衡分析及染色体突变位点分析

2．2．6 477份水稻群体的聚类分析

2．2．7 群体结构分析

2．2．8 籼粳稻亚类中各亚群的遗传关系

3 小结与讨论

3．1 群体结构分析对关联分析的的重要性和对其的影响

3．2 SSR标记的等位基因多样性

3．3 籼粳亚种的分化代表着中国水稻种质的群体结构

参考文献

致谢

附录