白氏文昌鱼IKK基因的克隆及其免疫功能分析

摘要

形态学以及分子生物学的证据表明文昌鱼是脊索动物中的基底生物，是研究脊椎动物形态、发育以及免疫系统的起源与进化的重要模式生物。随着比较免疫学的迅速发展，以及佛罗里达文昌鱼基因组测序的完成，关于文昌鱼免疫的研究越来越引起人们的关注。因此，本研究在文昌鱼EST数据库的基础上，利用分子生物学方法初步研究了文昌鱼IKK基因在LPS刺激后的免疫应答方面的机制，同时结合进化分析了文昌鱼IKK基因在进化中的地位，本论文主要的研究成果如下:
　　(1)利用RACE对白氏文昌鱼的AmphilKK基因进行克隆，结果表明AmphiIKK基因的cDNA序列全长3087bp，其中ORF包含2334bp，预计编码777aa，5'UTR包含164bp，3'UTR包含589bp。
　　(2)经过初步分析表明，AmphiIKK的理论分子量为89.3kDa，等电点为6.26;AmphilKK与之前发现的IKK蛋白之间存在着43.8％-64.0％的相似性，23.6％-43.3％的一致性。AmphilKK蛋白具有哺乳动物IKK蛋白一样，具有一个保守的丝氨酸/苏氨酸激酶结构域，在这个结构域中，含有一个丝氨酸/苏氨酸激酶活化位点和一个保守的MAPKK活化茎环。与人类的IKKα和IKKβ比较，文昌鱼IKK蛋白同样具有一个潜在的HLH基序，一个LZ结构，和NBD结构。AmphilKK蛋白的空间三级结构与其他7个物种的IKK蛋白均相同，均折叠成“手枪”状。系统发育分析表明，AmphilKK间于无脊椎动物和脊椎动物之间，和合浦珠母贝、太平洋牡蛎等无脊椎动物更为接近。
　　(3)实时定量检测表明IKK基因在所有检测的组织中均表达，其中在肌肉、鳃和脊索中表达最为丰富。在LPS刺激后，AmphilKK在6h有1.46倍的表达量，在8h时有1.80倍的表达量，在12h后趋于平常，表明在外源LPS刺激后文昌鱼IKK基因表现出上调趋势。

目录

声明

摘要

第1章 引言

1．1 文昌鱼概况

1．1．1 文昌鱼的分布及形态特征

1．1．2 文昌鱼的生活习性

1．1．3 文昌鱼的特殊进化地位

1．1．4 文昌鱼的研究近况

1．2 IKK的研究现状

1．2．1 IKK的分子结构及作用机制

1．2．2 IKK的研究进展

1．3 论文研究的目的与意义

1．4 论文研究的技术路线

第2章 白氏文昌鱼IKK基因的克隆

2．1 实验材料和仪器

2．1．1 实验材料

2．1．2 实验仪器

2．2 实验方法

2．2．1 IKK基因cDNA全序列的克隆

2．3 结果与分析

2．3．1 白氏文昌鱼总RNA的提取

2．3．2 IKK基因中间片段的克隆

2．3．3 IKK基因全长序列的扩增

2．4 讨论

第3章 白氏文昌鱼IKK基因的序列分析

3．1 实验仪器及分析软件

3．2 分析方法

3．3 分析结果

3．3．1 IKK基因的理化性质分析

3．3．2 IKK基因的氨基酸序列同源性比较分析

3．3．3 IKK蛋白motif和空间结构分析

3．3．4 IKK蛋白的比对分析及系统发生树构建

3．4 讨论

第4章 白氏文昌鱼IKK基因抗菌功能的初步鉴定

4．1 实验材料与方法

4．1．1 实验材料

4．1．2 实验仪器

4．1．3 实验方法

4．2 实验结果与分析

4．2．1 IKK基因在不同组织中的表达

4．2．2 LPS刺激对IKK基因表达量变化的影响

4．3 讨论

总结与展望

参考文献

附录 本文所用主要缩略词

在读期间发表的学术论文及研究成果

致谢