利用基因芯片及磁分离技术对苏北地区胃癌单核苷酸多态性易感性研究

摘要

我国的胃癌发病率和死亡率均居各类肿瘤之首，是世界上胃癌发病率和死亡率最高的国家之一。胃癌的发生是遗传和环境因素共同作用的结果，个体遗传特性决定对肿瘤的易感性，早发现是改善疗效、提高胃癌患者生存率的关键。因此，深入进行胃癌病因学和发病机制研究，寻找和确定相关分子标志物和易感因素，筛选高危人群以采取有效的预防控制和治疗措施具有重要意义。SNP是人类基因组中最常见的变异，具有数量多、分布广、易于快速检测、便于分型等特点。根据“常见疾病，常见变异”理论，在胃癌病例人群和正常对照人群中进行SNP分型对比研究，可以确定SNP位点或其邻近变异与肿瘤发病风险的关系，从而可应用于肿瘤遗传易感性的研究。
　　本文在前人研究的基础上，首先制备了γ-Fe2O3磁性纳米粒子，并修饰亲和素，同时对研究样本进行DNA提取，扩增出含有待检测SNP位点的PCR产物，然后利用基于磁性纳米粒子和双色荧光杂交的SNP分型方法对大量样本进行分型。该方法充分将双色荧光探针杂交技术、生物芯片的高通量“并行”读出技术、以及磁性纳米粒子易于实现分离、富集的功能相结合，实现了对大量样本的低成本、高效率、高准确性分型。利用此方法对苏北地区人群118个胃癌病例和120个正常对照的COX-2基因启动子区-765G>C多态位点和BCL-2基因-938C>A多态位点进行SNP分型，最后采用SPSS13.0进行统计分析，应用X2检验和非条件Logistic回归模型计算OR(odds ratio)和95％CI(Confidenceinterval)对分型结果进行病例.对照研究，得到如下结论：
　　1、在胃癌病例组和正常对照组中COX-2基因-765G>C位点和BCL-2基因-938C>A位点的基因型频率分布均符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律，选取样本具有群体代表性，可以代表苏北地区人群。
　　2、与COX-2基因-765GG型比较，带有COX-2基因-765GC+CC基因型的个体在胃癌组中显著增高，OR值为1.808(95％CI：1.050～3.113，P=0.033)，即个体携带-765GC或CC基因型能显著增高胃癌的发病风险，C等位基因与苏北地区人群胃癌易感性增高相关。
　　3、单独携带BCL-2-938CC基因型的个体患胃癌的风险是携带AA基因型个体的3.185倍，这表明在同等外在条件下，携带CC基因型的个体更容易患胃癌，且随着C等位基因的增加，OR值上升趋势明显，提示BCL-2基因-938C>A位点的多态性与胃癌的遗传易感性呈等位基因计量-效应关系。
　　4、深入研究表明：COX=2-765CC和COX-2-765GC分别与BCL-2-938CC基因型在胃癌的发病风险中存在着明显的加乘交互效应，与COX-2-765GG和BCL-2-938AA基因型携带者相比，其胃癌的发病风险明显增高，OR值分别为10(95％CI：1.280～78.117，P=0.028<0.05)和4.667(95％CI：1.137～19.154，P=0.0325<0.05)，统计学差异显著，说明COX-2基因和BCL-2基因在胃癌的发生中有明显的协同作用。