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第一章绪论
1.1酸性矿坑水的来源及化学性质
1.2酸性矿坑水的微生物多样性
1.2.1自养和异养生命形式及其分类
1.2.2 AMD环境中嗜酸性微生物的基本特征
1.2.3 AMD环境中嗜酸性微生物的能量代谢
1.2.4 AMD环境中嗜酸性微生物的群落结构及其相互关系
1.3环境微生物多样性的基因组学分析方法及其优缺点
1.3.1基因指纹图谱法
1.3.2核酸分子杂交法
1.3.3定量PCR分析法
1.3.4基因序列系统发育分析法
1.4基因芯片技术在环境微生物群落多样性及功能研究中的应用
1.4.1用于环境微生物研究的基因芯片
1.4.2基因芯片在环境微生物研究中应用
1.4.3基因芯片在环境微生物研究中应用的技术难点
1.5本文的主要研究内容
1.6论文课题来源
第二章群落基因组芯片的构建
2.1引言
2.2材料与方法
2.2.1菌株与培养基
2.2.2基因组DNA的提取与纯化
2.2.3基因组DNA的定量
2.2.4群落基因组芯片的设计、构建与后处理
2.3 小结
第三章群落基因组芯片的评估
3.1引言
3.2基因组DNA的荧光标记、芯片杂交、图像处理和数据分析
3.2.1基因组DNA的荧光标记
3.2.2芯片杂交
3.2.3图像处理和数据分析
3.3群落基因组芯片的杂交温度优化
3.4群落基因组芯片的杂交特异性
3.5群落基因组芯片的检测灵敏度
3.6群落基因组芯片的定量性能
3.7讨论与小结
第四章群落基因组芯片在酸性环境微生物群落分析中的应用
4.1引言
4.2材料与方法
4.2.1环境样品来源
4.2.2环境样品基因组DNA的提取与纯化
4.2.3 DNA的荧光标记、芯片杂交、图像处理和数据分析
4.3结果与分析
4.4讨论与小结
第五章结论
参考文献
致谢
攻读学位期间主要研究成果