中国南北方2个汉族人群MICB基因和中国大陆4个人群HLA-E基因群体遗传学研究

摘要

目的：人类白细胞抗原(HLA)基因复合体位于6p21.3，全长约4Mb。HLA是迄今所知人类最复杂的遗传多态性系统。有关非经典HLA基因（如MICA、MICB、HLA-E、HLA-F、HLA-G）在中国不同地域或不同种族人群中的分布特征，目前文献报道较少。
　　 我们第一部分工作研究MICB基因在中国南、北方2个汉族人群中的分布。本研究首先调查中国北方内蒙古自治区104例无血缘关系的汉族健康个体MICB基因多态性、第1内含子AluyMICB插入/缺失多态性，并分析MICB基因与MICA、HLA-B基因的连锁不平衡特征以及HLA-A-C-B-MICA-MICB单倍型多样性。为探讨MICB基因在中国汉族人群中的分布差异，我们进一步研究中国南方湖南地区201名健康、无血缘关系的汉族个体MICB基因多态性。我们的第二部分工作研究HLA-E基因在中国大陆4个不同人群间的分布。
　　 方法：采用PCR-SBT分型技术研究中国南、北方汉族健康个体MICB基因多态性;采用PCR-SSP技术对中国南方2个汉族人群（湖南汉族和广东汉族）和中国北方2个人群（内蒙古汉族和内蒙古蒙古族）共690份样本进行HLA-E基因分型。
　　 结果：在中国北方汉族人群中，共检出10种MICB等位基因，以MICB*005∶02/010、MICB*002∶01和MICB*004∶01最为常见，频率分别为51.44％、16.35％和11.54％。有9种HLA-B-MICB单倍型、6种MICA-MICB单倍型呈现连锁不平衡。在该人群中，HLA-B*13∶01、HLA-B*13∶02与MICB等位基因之间的连锁格局完全不同。发现1个新等位基因，经WHO正式命名为MICB*023。与MICB*005∶02/010相比，MICB*023在第2外显子第86位碱基位置有1个碱基差异(G→A)，导致第6密码子氨基酸由精氨酸变为组氨酸。HLA-A*30-C*06-B*13∶02-MICA*008∶01-MICB*005∶02/010是该人群最常见的单倍型，频率为8.64％。单倍型HLA-A*02-C*08-B*48-MICA*Del-MICB*009N频率为2.4％。
　　 在中国南方汉族人群中，共检出11种MICB等位基因，其中以MICB*005∶02为主，频率为64.93％。5种HLA-B-MICB单倍型和6种MICA-MICB单倍型存在连锁不平衡。若干MICB单倍型具有高度的中国南方汉族特征。发现2个新的MICB等位基因，经WHO正式命名为MICB*005∶06和MICB*026。与MICB*005∶02相比，MICB*005∶06在第4外显子762位有1个同义突变(G→T);MICB*026很可能起源于MICB*004∶01，并在第4外显子第826位碱基发生突变(G→A)，导致第253位氨基酸由谷氨酸变为赖氨酸。单倍型HLA-A*02-C*01-B*46-MICA*010-MICB*005∶02-DRB1*09是该人群最常见的六位点单倍型，频率为8.49％。单倍型HLA-A*30-C*06-B*13∶02-MICA*008∶01-MICB*005∶02-DRB1*07可能是1条保守的扩展单倍型。
　　 HLA-E研究结果显示:(1)在四个人群中均检测到HLA-E*01∶01和HLA-E*01∶03，未发现HLA-E*01∶04。HLA-E等位基因的分布在2个南方汉族人群与内蒙古蒙古族人群之间，以及湖南汉族和内蒙古汉族之间的差异具有统计学意义（Pc＜0.05）;(2)单倍型HLA-G*01∶05N-A*30-E*01∶01-C*06-B*13∶02-DRB1*07是中国汉族人群1条保守的扩展单倍型;(3)五种HLA-A-E单倍型存在连锁不平衡，包括HLA-A*02-E*1∶03(湖南汉族、广东汉族、内蒙古汉族)、HLA-A*01-E*01∶01和HLA-A*30-E*01∶01（湖南汉族、内蒙古汉族）、HLA-A*33-E*01∶01（湖南汉族、广东汉族）以及HLA-A*03-E*01∶01(内蒙古蒙古族)。(4)在四个人群中，HLA-E位点Ewens-Watterson纯合度检验均显示平衡选择的趋势。
　　 结论：我们首次阐明了MICB基因在中国南、北方2个汉族人群中的分布及与经典HLA基因的连锁不平衡特征;揭示了中国大陆4个人群HLA-E基因和HLA-A-E单倍型的特点;发现并报道3个新的、已获WHO正式命名的MICB等位基因。这些数据对非经典HLA基因的群体遗传学研究、人类学研究以及HLA疾病关联研究等领域均具有积极意义。为进一步单倍型作图提供了初步数据。

目录

声明

摘要

第一部分 中国南北方汉族人群MICB基因群体遗传学研究

前言

第一章 中国北方汉族人群MICB基因群体遗传学研究

1 材料和方法

2 结果

3 讨论

4 小结

第二章 中国南方汉族人群 MICB 基因群体遗传学研究

1 材料和方法

2 结果

3 讨论

4 小结

第二部分 中国大陆四人群HLA-E基因群体遗传学研究

前言

1 材料和方法

1．1 研究对象

1．2 材料

1．3 方法

2 结果

2．1 PCR-SSP检测HLA-E*01：04灵敏度

2．2 HLA-E*01：01和HLA-E*01：03 PCR扩增的实验结果

2．3 HLA-E等位基因频率

2．4 四人群间HLA-E基因分布比较

2．5 HLA-A-E单倍型多样性

2．6 HLA-A、E位点的连锁不平衡

2．7 HLA-A-E-C-B单倍型多样性

2．8 保守扩展单倍型HLA-G*01：05N-A*30-E*01：01-C*06-B*13：02-DRBI*07

2．9 HLA-E位点Ewens-Watterson纯合度检验

3 讨论

4 小结

总结论

参考文献

综述

致谢

攻读学位期间主要的研究成果