Graves病差异表达基因全长cDNA序列的克隆与生物信息学分析

摘要

目的:在已获得的Graves病差异低表达基因片段(EST：CF569048)的基础上应用SMARTTMRACE技术获得其全长cDNA序列(TGDRF12)。　　方法:在本文前期运用抑制消减杂交技术(SSH)获得Graves病差异低表达基因片段(EST：CF569048)的基础上，对EST进行生物信息学分析，并应用SMARTTMRACE技术分别获得Graves病差异表达基因的5'端和3'端，将测序结果去除载体后拼接成全长cDNA序列。将获得的全长序列到相关站点分析其阅读框架、进行同源性比较和相关的生物学功能分析。并应用MultipleTissueNorthernBlot检验其在正常人多种组织的表达。将获取的新序列利用Sequin程序进行登录到Genbank。　　结果:应用SMARTTMRACE技术成功获得Graves病差异低表达基因的一条全长cDNA序列。此cDNA全长1620bp，开放阅读框架318bp，5'非编码区序列78bp，3'非编码区序列1224bp，共编码106个氨基酸。MultipleTissueNorthernBlot检验其在正常人3种组织(胃、甲状腺、肾上腺)中有较高表达，其中甲状腺最高，且都只有一个转录本(1.6kb)，显示大小为1.6Kb左右。同源性分析表明其与蛋白质精氨酸甲基转移酶家族成员有很高的同源性。本文利用Sequin程序进行登录，被GenBank收录于Nr数据库中(accessionnumber：AY786414)，见附录四。　　结论:通过应用SMARTTMRACE技术成功获得Graves病差异低表达基因的一条全长cDNA序列；MultipleTissueNorthernBlot检验其在正常人3种组织(胃、甲状腺、肾上腺)中有较高表达，其中甲状腺中最高，且都只有一个转录本，显示大小为1.6Kb左右；同源性分析表明其可能为精氨酸甲基转移酶家族中的一个新成员，可能在GD发病中起一定作用。

目录

原创性声明和关于学位论文使用版权的说明

前言

实验材料

实验方法

实验结果

1、基因特异性引物的设计和合成

2、RNA的定性定量分析

3、全长的获取

4、TGDRF12人多组织Northern印迹杂交

5、在线利用Internet中的ORF finder对核基因的ORF分析

6、蛋白质的序列结构和功能的生物信息学分析

讨论

结论

参考文献

附录一 主要英文缩略语索引

附录二 实验方案

附录三 cDNA末端快速扩增技术

附录四 全长cDNA被Genbank收录的情况

附录五 腺瘤旁的正常甲状腺组织病理切片

综述 cDNA末端快速扩增技术研究进展

主要的成果

致谢