伊犁裂腹鱼线粒体全基因组结构分析及微卫星标记开发

摘要

伊犁裂腹鱼Schizothorax pseudaksaiensis（鲤形目Cypriniformes、鲤科Cyprinidae、裂腹鱼亚科 Schizothoracinae、裂腹鱼属 Schizothorax）是新疆土著经济鱼类，主要分布在伊犁河流域。近年来，过度捕捞与生态环境的退化导致了伊犁裂腹鱼种群数量下降，该种鱼类已经被列入新疆维吾尔自治区二级保护动物。本研究以伊犁裂腹鱼为对象，首次分析了其线粒体全基因组序列结构特征；并通过筛选其近缘物种（异齿裂腹鱼和塔里木裂腹鱼）引物，成功获得了10对多态性微卫星标记，进行了种群遗传多样性研究。主要结果如下：
　　（1）伊犁裂腹鱼线粒体全基因组长度为16582 bp，同其它硬骨鱼类一样，由37个编码基因（13个蛋白编码基因，22个tRNA编码基因及2个rRNA编码基因）和2个非编码区（控制区和轻链复制起始区）组成。碱基比例按照降序排列为30.18％A，27.08%C，25.37%T和17.37%G，表现出一定程度的A+T碱基偏向性；13个蛋白编码基因中除了COX1是以GTG起始，其它都是以ATG起始；软件预测表明22个tRNA都具有较为典型的三叶草型二级结构。
　　（2）已开发的10对微卫星标记均具有多态性，其中有8对呈现高度多态（PIC>0.5）。遗传多样性研究表明：在3个种群中，总的观测杂合度、期望杂合度数值分别为0.063-0.818和0.061-0.943，PIC值的范围为0.059-0.940，伊宁群体的遗传多样性水平较其它两个群体而言更高。此外，研究还显示3个群体之间已经发生了中等程度遗传分化，Fst为0.0583-0.0876。遗传距离和聚类图进一步表明，昭苏群体和雅玛渡群体的亲缘关系更为亲近。

目录

声明

缩略语表

第一章 文献综述

1. 伊犁河的自然概况

1.1 地理位置

1.2 水系特征

1.3伊犁河土著鱼类

2. 裂腹鱼概述

2.1 新疆地区裂腹鱼的组成和分布

2.2 伊犁裂腹鱼的研究进展

3. 分子标记及其在遗传多样性研究中的应用

3.1 遗传多样性概述

3.2 线粒体DNA分子标记

3.3 微卫星分子标记

4. 选题的目的与意义

第二章 伊犁裂腹鱼线粒体全基因组序列结构测定及分析

1. 前言

2. 材料与方法

2.1 材料

2.2 DNA提取

2.3 引物设计

2.4 PCR扩增及产物检测

3. 结果与分析

3.1 伊犁裂腹鱼线粒体DNA结构特点

3.2 基因间隔与基因重叠

3.3 碱基组成

3.4 蛋白质编码基因

3.5 rRNA 和tRNA结构

4. 讨论

第三章 伊犁裂腹鱼微卫星标记开发

1. 前言

2. 材料与方法

2.1 材料

2.2 方法

3. 结果与分析

3.1 群体遗传多样性水平

3.2 群体遗传分化研究

4. 讨论

参考文献

附录

致谢