额尔齐斯河贝加尔雅罗鱼微卫星标记筛选及其遗传多样性分析

摘要

本研究以额尔齐斯河贝加尔雅罗鱼（Leuciscus leuciscus baicalensis）为实验对象，联合二代测序技术和荧光毛细管电泳技术，开发微卫星位点30个，其中19个来自基因组，11个来自转录组;利用这30个位点对哈巴河、布尔津及北湾三个群体进行遗传多样性分析，并探究这些位点在其他9种鲤科鱼类中的通用性。主要结果如下:
　　1.共合成160对引物，64对来自基因组，96对来自转录组;在扩增（以北湾群体样品为模板）过程中出现不同程度的扩增失败:3对基因组微卫星引物和25对转录组微卫星引物未扩增出任何条带或者未得到目的条带。
　　2.用30个微卫星标记评估北湾、布尔津和哈巴河三个群体的遗传多样性，共检测出等位基因339个，各位点等位基因数范围在4-27之间，平均11.3个;有效等位基因数一共154.28个，介于1.56-15.34之间，平均5.14个;观测杂合度在0.37-1.00之间，平均值是0.68;期望杂合度在0.36-0.94，平均值是0.75;多态性信息含量在0.31-0.93之间，平均值是0.71。
　　3.遗传分化指数和遗传距离显示，三个群体没有发生显著分化;分子方差分析结果显示，大部分变异来自个体间，极少数变异来自种群间。
　　4.位点多态性比例:基因组31.1％，转录组15.5％;用于遗传多样性评估的指数，基因组微卫星位点的指数均大于转录组SSR微卫星的指数。
　　5.30个位点在拟鲤中的通用率最高，为80％，其次是高体雅罗鱼，为76.7％;转录组微卫星位点的跨物种通用率普遍远远高于基因组微卫星位点。

目录

声明

摘要

第一章 文献综述

1．2 水系与水文特征

1．3 额尔齐斯河水系水资源的开发利用与保护

1．4 鱼类资源情况

2 新疆雅罗鱼研究概况

2．1 新疆3种雅罗鱼的资源量现状与分布

2．2 贝加尔雅罗鱼研究进展

3 遗传多样性

3．1 遗传多样性的内涵

3．2 鱼类遗传多样性研究及其意义

3．3 遗传多样性研究方法

4 毛细管电泳法在微卫星分析中的优势

5 微卫星标记的开发及其在鱼类遗传多样性分析中的应用

6 选题意义

第二章 贝加尔雅罗鱼微卫星标记的开发

1 材料与方法

1．1 实验试剂、仪器及工具

1．2 样品采集与DNA提取

1．3 贝加尔雅罗鱼微卫星标记的开发

2 结果与分析

2．1 DNA提取结果

2．2 基因组微卫星与转录组微卫星特征的比较

2．3 多态性微卫星引物

3 讨论

第三章 贝加尔雅罗鱼群体遗传多样性的分析

1 材料与方法

2．1 实验材料

2．2 实验方法

2．1 峰值图的读取

2．2 微卫星位点的多态性及群体的遗传多样性

2．3 种群遗传分化

3 讨论

第四章 贝加尔雅罗鱼多态性微卫星的跨物种应用

1 材料与方法

1．1 实验材料

1．2 实验方法

2 结果与分析

3 讨论

小结

参考文献

研究生期间发表论文

致谢