EST序列分析与基因外显子区域的鉴定

摘要

本文在对部分已知基因序列与EST数据库的比对搜索结果进行深入分析的基础上，采用了诸如匹配程度检验、Gap检验、包含性检验、长度检验等多种措施对EST匹配结果的真实性进行检验，并编写了相应的分析程序EDS，可从一条基因序列的众多EST匹配中有效筛选出正确的匹配。在此基础上，该程序可进一步鉴定出基因序列中的外显子区域，当可能存在选择性剪接时，则给出表达丰度(或可能性)相对较高的外显子区域，而将表达丰度(或可能性)相对较低的区域作为可能的选择性剪接情况给出。用标准测试数据集HMR195中的人类基因序列进行测试，其效果较好。该结果表明，EDS不仅可有效用于利用EST数据进行基因注释，还可高效识别与基因序列真正相关的EST匹配序列，可为进一步利用庞杂的EST数据开展上述各方面应用研究提供有效帮助。

目录

文摘

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1绪论

1.1课题来源

1.2国内外研究现状

1.3课题目的与课题意义

1.4本文的主要研究工作

2判别基因序列的真实EST匹配的措施

2.1 EST概述及其产生过程与特点

2.2判别基因序列的真实EST匹配的措施

2.3本章小结

3基于EST鉴定基因外显子区域的算法

3.1 EDS的处理流程

3.2相似比对搜索

3.3 EST匹配片断的筛选

3.4 EST拼接

3.5外显子的校正

3.6本章小结

4结果与分析

4.1测试数据集

4.2测试衡量指标

4.3测试结果

5总结与展望

致谢

参考文献

附录一攻读学位期间发表的论文

附录二EDS对HMR195数据集中人类基因的外显子区鉴定结果（部分）

附录三EDS对HMR195数据集中鼠类基因的外显子区鉴定结果（10条）