小麦基因组中钙依赖型蛋白激酶家族的生物信息学分析

摘要

钙依赖型蛋白激酶（Calcium dependent protein kinase，CDPK）在植物的发育、激素反应、代谢调节、逆境胁迫以及防御反应等过程中具有广泛的生理功能。本研究应用生物信息学方法，从数据库中挖掘出与小麦CDPK相关的序列，通过寻找迭代群或EST拼接确定小麦基因组中编码CDPK家族的UniGene；将所获得到的核酸和蛋白质序列与近缘物种进行比对分析，对CDPK家族进行分类；对所获得的全长CDPK蛋白质构象和生物学功能进行预测。通过以上研究，为进一步在基因组范围内对小麦CDPK家族的组成、基因克隆和生物功能的研究奠定基础。 所获得的主要研究结果如下： 1、获得了162条小麦CDPK ESTs的序列信息。 2、通过寻找迭代群或EST拼接，得到了10条UniGene相应的全长ORF序列。在氨基酸水平比对相同物种ORF编码的蛋白质序列和近缘物种相似蛋白序列，表明所得UniGene为小麦中未报道的cdpk基因。 3、通过蛋白质结构预测软件得到这些CDPK蛋白二级结构预测结果，并对其可能的生物学功能及在亚细胞的定位进行了讨论。 4、探讨了10条CDPK编码蛋白的同源性进化结果。