武汉地区流感样病例中人鼻病毒和人肠道病毒的分子流行病学研究

摘要

目的:
　　应用实时荧光定量PCR及RT-PCR法对武汉地区类流感样监测病例的咽拭子标本进行人鼻病毒(human rhinovirus,HRV)和人肠道病毒(human Enterovirus,HEV)的检测和分型,了解人鼻病毒/人肠道病毒(HRV/HEV)在武汉地区的感染现状、亚型构成、分子进化,以及年龄、季节分布等流行情况,揭示和阐明人鼻病毒、人肠道病毒的流行特点及规律,为人鼻病毒、人肠道病毒等相关呼吸道感染的防控、临床诊断与治疗、疫苗的研发提供理论依据。
　　研究对象及方法:
　　1.收集武汉地区2007年7月至2011年12月期间,武汉市一医院和武汉市儿童医院门诊流感样病例(体温≥38℃,同时伴有咳速或咽痛之一者)的咽拭子标本共计4065份。
　　2.收集咽拭子标本后低温运送至武汉市疾病预防控制中心病毒科。咽拭子标本经核酸提取后,采用HRV、HEV通用引物及探针和实时荧光定量PCR法检测HRV/HEV;同时每份标本采用PCR及RT-PCR法检测A型和B型副流感病毒(IFV(A和B型))、人偏肺病毒(HMPV)、呼吸道合胞病毒(RSV)、偏肺病毒(PIV(1、2、3))、冠状病毒(HCoV(HKU1和NL63型))、腺病毒(AdV)及人博卡病毒(HboV)。随机选取50例HRV/HEV检测阳性样本,应用HRV、HEV分型引物,对VP4/VP2区段进行RT-PCR扩增,并对扩增产物进行测序,所得测序结果与美国国立生物技术中心(NCBI)Genebank中的序列进行BLAST比较分析。利用MEGA5.1软件中的邻接法进行系统进化分析。
　　结果:
　　在4065份流感样病例的咽拭子标本中共检出HRV/HEV阳性标本170例,总检出率为4.18％,其中23例阳性标本存在与其它呼吸道病毒的混合感染(23/170,13.5%)。在混合感染病例中,33.3%(8/24)的病例混合感染腺病毒(AdV),20.8%(5/24)的病例混合感染冠状病毒(HCoV),16.7%(4/24)的病例混合感染副流感病毒(PIV),8.3%(2/24)的病例混合感染人偏肺病毒(HMPV),8.3%(2/24)的病例混合感染博卡病毒(HBoV),4.2%(1/24)的病例混合感染甲型H1N1流感病毒,4.2%(1/24)的病例混合感染乙型流感病毒。各年龄组HRV/HEV感染者中,0-3岁、4-14岁、15-25岁、26-65岁及>65岁年龄组的检出率分别为7.0%(117/1662)、4.5%(43/948)、0.5%(5/930)、1.1%(5/477)和0.0%(0/48),3岁以下(包括3岁)儿童阳性率明显高于3岁以上年龄组(χ2=57.300,P=0.000)。2008年7月-2011年12月检测结果显示,HRV/HEV在武汉地区流行呈现明显的季节性,以春夏两季为高发季节。
　　50例HRV/HEV通用引物检测阳性的标本中34例分型成功。其中,9例为HRV单独感染,23例为HEV单独感染,2例为HRV和HEV混合感染。11例HRV感染者中6例为HRV-A(54.5%),2例为HRV-B(18.2%),3例为HRV-C(27.3%);25例HEV感染者中10例为HEV-A(40%),15例为HEV-B(60%)。系统进化分析发现,武汉地区流行的HRV、HEV与其对应的参考株在进化上十分接近,但武汉流行株也表现出了基因变异和遗传分化的迹象。
　　结论:
　　HRV/HEV的检出率较高,是引起武汉地区人群急性呼吸道感染的一个重要病因。不同年龄组HRV/HEV感染率不同,其中3岁及3岁以下儿童为易感人群。武汉地区HRV/HEV的流行呈现明显的季节性,以春夏两季为高发季节。武汉地区HRV感染与HEV感染均呈现基因多样性,其中HRV-A、HEV-B分别为HRV感染和HEV感染最主要的基因型。

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1 前 言

2 材料与方法

2.1 研究对象与标本收集

2.2 实验方法和步骤

3 结 果

3.1 流感样病例中人鼻病毒/人肠道病毒（HRV/HEV）的检出

3.2 武汉地区人鼻病毒/人肠道病毒感染（HRV/HEV）的人群分布特征

3.3 武汉地区人鼻病毒/人肠道病毒感染（HRV/HEV）的时间分布特征

3.4 武汉地区人鼻病毒/人肠道病毒感染（HRV/HEV）的混合感染分析

3.5 武汉地区人鼻病毒/人肠道病毒感染（HRV/HEV）阳性标本的VP4/VP2基因片段序列测定

3.5 武汉地区人鼻病毒/人肠道病毒感染（HRV/HEV）的系统进化分析

4 讨 论

4.1 小RNA病毒科、肠道病毒属的病毒学特征

4.2 人鼻病毒/人肠道病毒（HRV/HEV）流行病学特征

4.3 人鼻病毒/人肠道病毒（HRV/HEV）的分子流行病学特征

4.4 本研究的不足之处

结论

参考文献

综述

致谢