大规模结构化及半结构化生物数据查询方法研究

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摘 要

Abstract

第1章 绪 论

1.1 课题背景及研究的目的和意义

1.2 国内外研究现状

1.2.1 国外研究现状

1.2.2 国内研究现状

1.2.3 国内外研究现状分析

1.3 本文的主要研究内容

1.4 章节安排

第2章 大规模半结构化生物数据查询算法

2.1 引言

2.2 半结构化生物数据的存储

2.2.1 XML文档的解析

2.2.2 XML文档存储到HDFS

2.2.3 XML文档存储到Hbase

2.3 查询预处理

2.3.1 简单Xpath语句的翻译

2.3.2 含有谓语的Xpath语句的翻译

2.4 基于MapReduce的半结构生物数据查询

2.4.1 Map阶段的工作

2.4.2 Reduce阶段的工作

2.5 本章小结

第3章 大规模结构化生物数据查询算法

3.1 引言

3.2 结构化生物数据的存储

3.3 基于MapReduce的结构化生物数据查询

3.4 查询性能优化

3.5 本章小结

第4章 大规模生物数据管理系统设计与实现

4.1 引言

4.2 系统架构设计

4.3 系统功能结构设计

4.3.1 生物数据存储模块

4.3.2 生物数据查询模块

4.3.3 性能优化模块

4.4 数据库设计

4.5 大规模生物数据管理系统实现

4.5.1 生物数据存储模块实现

4.5.2 生物数据查询模块实现

4.5.3 性能优化模块实现

4.6 本章小结

第五章 实验及结果分析

5.1 实验环境

5.2 实验设计

5.3 实验结果

5.3.1 生物文档数据的存储

5.3.2 XML生物文档数据查询测试

5.3.3 VCF生物文档数据查询测试

5.4 本章小结

结 论

参考文献

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致 谢