西瓜全雌基因连锁的SRAP分子标记

摘要

采用SRAP技术探寻与西瓜全雌基因连锁的分子标记。以全雌母本和弱雌父本为双亲杂交获得F1群体,F1自交获得F2群体,用分离群体分组分析法(Bulked Segregant Analysis,BSA)构建全雌和弱雌两个基因池,筛选957对引物结果如下:
　　 1、为研究西瓜全雌性状的遗传规律,以全雌性母本HC和弱雌性父本QC杂交获得F1,共得到F1单株6株。F1群体自交获得F2,共得到F2单株275株。观察F1群体单株,均表现弱雌性,说明西瓜全雌性对弱雌性为隐性。对F2单株进行性型统计,将统计的有效节位在25节以上的单株所得数据进行整理,共计114株,包括雌性单株30株、弱雌性单株84株。经X2检测,F2中雌性株与弱雌株分离比例完全符合1:3的比例(P值=0.104),以上结果说明,西瓜全雌性状可能是由单隐性基因控制的质量性状。
　　 2、本实验采用CTAB法和经改良的CTAB法对西瓜叶片的基因组DNA进行提取,并进行比较,结果表明:采用改良CTAB法提取效果较好,所提取的DNA质量较优,完全达到了用于SRAP分析的要求。
　　 3、本试验以西瓜基因组DNA为模板,通过对Mg2+、dNTPs、Primer、DNA与Taq酶5因素进行5水平梯度试验,对西瓜SRAP—PCR反应体系进行了优化,建立了适合于西瓜的SRAP—PCR反应体系。最终确定的西瓜SRAP—PCR反应体系(15μL)为:Mg2+3.0mmol/L,引物0.3mol/l,TaqDNA聚合酶1.0u/20L,dNTPs0.20mmol/1,DNA模板80ng。结果表明该体系和程序可满足西瓜基因组SRAP扩增的需求。
　　 4、选用33个正向引物和29个反向引物两两配对组合成957对引物,对西瓜父本QC与母本HC的全基因组DNA进行扩增,筛选出在父本和母本间表现多态的引物对共36对。用在父母本之间表现出多态性的36对引物组合分别对对西瓜全雌、弱雌两个基因池(随机选取5株全雌单株和5株弱雌单株的个体基因组DNA等量混合,组成全雌和弱雌两个DNA池)进行扩增,有8对引物的PCR扩增产物在两基因池之间稳定的表现出差异。用在全雌基因池和弱雌基因池之间表现多态性的8对引物,分别对构建基因池的5株全雌单株和5株弱雌单株进行PCR验证。结果发现:只有引物对me16-em20与西瓜全雌性表型存在连锁关系,全部全雌株上均扩增出一条约为160bp的特异条带,在弱雌株上未出现,将该标记命名为me16-em20160；而在弱雌株上均扩增出一条约为205bp的特异条带,在全雌株上未出现,将该标记命名为me16-em20205。用该引物对对F2共117株单株分别进行扩增,统计结果,利用 Mapmaker(version3.0)计算出这两个标记与全雌性位点的连锁距离分别为11.4cM、18.4cM。