miRNa-200c在胃癌组织中的表达及其靶基因的预测

摘要

目的:
　　 胃癌是我国常见的恶性肿瘤之一，严重威胁国人健康。我国胃癌的早期筛查机制并不完善，许多患者在首诊时已是晚期，失去手术机会，相对于其他恶性肿瘤，预后较差。在基因、分子水平研究胃癌的发生发展机制，可能为胃癌的早期诊断找到特异性的标志物并提供新的治疗手段。miRNA是一种包含21-23个核苷酸的内源性非编码小RNA分子，不编码蛋白质，通过作用于特异mRNA的3'非翻译区(UTR)诱导靶向mRNA的降解或者抑制mRNA的翻译。近年来多项研究发现miRNA在多种恶性疾病的发生、发展及转归等过程中发挥重要作用。胃癌组织中miRNA的差异表达成为目前研究的热点，其中miRNA-200家族包括5个成员:miRNA-200b/a/429和miRNA-200c/141，常作为潜在的抑癌基因或促癌基因发挥作用，可能与肿瘤细胞分化、增殖、侵袭、迁移和转移相关。本研究拟通过实时定量PCR方法检测27例胃癌组织与配对正常组织中miRNA-200c的表达水平，探究miRNA-200c表达水平与胃癌患者的临床病理参数之间的相关性。同时利用生物信息学方法，筛选出miRNA-200c的相关靶基因，并对靶基因的功能进行GO分析，为进一步研究肿瘤发生发展机制提供新的思路和依据。
　　 方法:
　　 1选取2011年3月至2011年6月期间在河北医科大学附属第四医院手术切除的27例胃癌组织及其配对正常组织。
　　 2利用实时荧光定量PCR方法检测癌组织及配对正常组织中miRNA-200c的表达水平;搜集27例胃癌患者的临床病理数据，包括性别、年龄、肿瘤大小、浸润深度、淋巴结转移、TNM分期、分化程度、脉管瘤栓、Borrmann分型。
　　 3利用生物信息学方法，选取miRanda、TargetScan、PicTar三种预测软件均可预测到的miRNA-200c的靶基因作为研究对象，并通过GO-Analysis对靶基因进行显著性功能分析，并根据p值大小进行相关程度的排序，p值越小，相关程度越大。
　　 4统计分析:利用SPSS13.O软件，计量资料以（(x)±s）表示，以配对t检验比较miRNA-200c的表达量在癌组织及配对正常组织间的表达差异，以单因素方差分析检验miRNA-200c表达水平与各临床病理特征间的相关性，p＜0.05为具有统计学意义。
　　 结果:
　　 1胃癌组织中miRNA-200c的表达水平明显低于配对正常组织，85.18％(23/27)胃癌组织中miRNA-200c表达水平下调。miRNA-200c在胃癌组织的△Ct值为0.59933±2.819735，而在配对正常组织△Ct值为-1.33063±2.309265。且差异具有统计学意义，p＜0.05。
　　 2胃癌组织中miRNA-200c的表达水平与组织分化程度及脉管瘤栓存在相关性，而与其他病理参数无明显相关。分化程度为G2的15例，G3的12例，miRNA-200c表达量分别为0.204(0.013-1.471)、0.038(0.001-0.59)，p＜0.05;有脉管瘤栓20例，无脉管瘤栓7例，miRNA-200c表达量分别为0.069(0.001-0.723)、0.277(0.02-1.471)，p＜0.05。
　　 3利用生物信息学方法，预测的miRNA-200c的靶基因有24个，如下:PDIK1L、FN1、PLK2、PPM4E、ELAVL2、RHOA、EFNB2、GPM6A、MXD4、PUM2、MAP4K3、NOG、QKI、EP300、NAB1、PCSK2、PTPN12、PCDH8、ANLN、PTPRZ1、KHDRBS1、POLK、FNDC3B、PDCD10。靶基因功能涉及到:与ATP、GTP、各种蛋白、SMAD、金属离子、ephrin受体、激素受体、特异性DNA、mRNA、RNA、核苷酸等相结合，以及参与信号传导、调节磷酸化、钙通道活性，调节GTP酶的活性，并可以与受损的DNA结合等等。对靶基因进行显著性功能分析，按照p值由小到大顺序排列，依次为:解剖结构的形成、生物调节、细胞内蛋白质代谢过程、细胞生物过程调节、蛋白质代谢、调节生物过程、神经系统的发育、细胞内大分子代谢等等。
　　 结论:
　　 1miRNA-200c在胃癌组织中低表达，提示miRNA-200c可能在胃癌中发挥类似抑癌基因的作用。
　　 2miRNA-200c表达量与胃癌的分化程度及脉管瘤栓存在相关性，与其他其他临床病理参数均无相关性。研究结果提示miRNA-200c可能是评估胃癌恶性程度的指标，并可能成为治疗的靶点，对于胃癌的预后判断具有一定的指导作用。
　　 3生物信息学研究显示:利用靶基因预测软件预测的miRNA-200c的靶基因有20余种，主要通过作用于解剖结构的形成、生物调节、细胞内蛋白质代谢过程、细胞生物过程调节、蛋白质代谢、调节生物过程、神经系统的发育、细胞内大分子代谢等等发挥作用。对于预测的多个靶点，需进一步实验验证，可采用荧光素酶报告基因载体的手段。生物信息学可为miRNA-200c关于靶基因方面的研究奠定基础。

目录

声明

摘要

前言

材料与方法

1 实验材料

2 实验方法

结果

1 miRNA-200c在胃癌组织及配对正常组织中的表达情况

2 miRNA-200c在胃癌组织中表达水平与临床病理参数之间的相关性

3、生物信息学分析预测靶基因及其生物学功能

附图

附表

讨论

结论

参考文献

综述

致谢

个人简历