利用扩增核糖体基因限制性分析法研究竹鼠盲肠细菌多样性

摘要

通过免培养的分子生物学方法，对竹鼠盲肠的微生物多态性进行初步的探索性研究，从而为竹鼠肠道微生物的多态性和微生物的分离纯化以及功能性基因的克隆提供相关的理论依据。采用改良的反复冻融法提取竹鼠盲肠微生物的总DNA，用细菌通用引物F27/R1492扩增出细菌16S rRNA的全部序列，构建16S rRNA基因文库。用HaeⅢ和HhaⅠ两种限制性内切酶对阳性克隆子的扩增产物进行酶切，挑选不同的OTU(操作分类单位)测序，通过BLAST在线比对，选择相似度较高的若干个序列构建系统发育树，比较代表克隆子基本分类种群和生物多样性的构成。结果表明，改良的反复冻融法所提取的总DNA条带整齐、明亮；改进的重组子鉴定方法能够快速准确的筛选出阳性重组子；酶切分型之后，发现竹鼠盲肠中存在34个OTU，说明竹鼠盲肠中有着丰富的微生物菌落分布，其中大部分是未培养或未知的菌株，在分类学上具有潜在意义的被选菌株，同时也有乳酸菌属、芽孢杆菌属、梭形杆菌属和多粘类芽孢杆菌的分布。

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第一章 文献综述

1.1 竹鼠简介

1.2 消化道微生态

1.3 分子微生态

1.3.1 分子微生态的核心技术

1.4 试验研究的目的和意义

第二章 16S rDNA克隆文库的建立

第一节 材料与方法

1.1 主要试剂

1.2 主要仪器

1.3 试剂的配置

第二节 竹鼠盲肠细菌总DNA的提取

2.1 材料与方法

2.2 结果与分析

2.3 讨论

2.4 结论

第三节 16S rDNA的PCR扩增

3.1 实验方法

3.3 结果与分析

3.4 讨论

3.5 结论

第四节 核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分析

4.1 实验方法

4.3 结果

4.4 讨论

第五节 竹鼠盲肠细菌的16S rDNA限制性酶切多态性分析

5.1 核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分析

5.2 DNA测序以及序列分析

5.3 结果

第三章 讨论

第四章 结论与展望

4.1 结论

4.2 展望

参考文献

致谢

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