伊克巴尔认识论的根本目的是为宗教经验的有效性辩护，他的认识论是包含“感觉”、“理性”和“直觉”为一体的统合认识论(Unification Epistemology)，他既不是经验主义者和理性主义者，也不是直觉主义者，因为他没有贬低其中任何一种认识能力，而是主张这三种认识能力各司其职，分别用于不同的认识对象，只不过直觉经验具有认识整体的优势，或者说是认识本质的优势。伊克巴尔直觉经验的思想渊源有两个方面：其一是19世纪末20世纪初西方直觉主义对实证主义的回应，即主张科学实证不是人类获得真理的唯一途径，在这一方面他尤其继承了法国哲学家柏格森的思想；其二是传统的伊斯兰苏非主义学说，伊克巴尔为宗教经验辩护在很大程度上就是为苏非主义的神秘经验辩护。伊克巴尔的直觉经验建立在他的时间观念和对康德认识论的批判之上，他将时间区分为“真正的时间”(the real time)和“序列时间”(the serial time)，序列时间只不过是真正时间的碎片化。真正的时间是直觉经验的场域，而康德的认识论只在序列时间内有效。人类的理性是可以超越序列时间，在真正的时间那里认识无限的，这个过程具有：明确性、直接性、不可交流性、整体性、客观性和脱时性等特点，这就是伊克巴尔的直觉经验，直觉经验在本质上是超越的理性。伊克巴尔的直觉经验同西方哲学家们的直觉概念有所不同，伊克巴尔直觉经验的认识对象主要是真主；它需要一定阶段的修道才可以达到；而且它是被动的。在现实生活中伊克巴尔积极倡导建立在感觉和理性之上的科学，他认为是伊斯兰教孕育出了西方现代科学及其方法，因此穆斯林学习西方的科学技术本质上是找回伊斯兰自己的传统。科学是我们认识世界的途径，直觉经验是我们认识真主的途径，两者并不矛盾。像科学一样，通过直觉经验得来的宗教知识也是有效的，真实的，也属于我们的知识范畴。通过说明直觉经验的有效性，伊克巴尔进行了伊斯兰的知识化（knowledge-ization of Islam），完成了他对伊斯兰宗教思想的重建。
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