分子标记技术在高粱属6个近似种的亲缘关系分析及其种籽识别中应用

摘要

本文首先对高粱属(Sorghum)DNA提取方法进行了研究，采用CTAB法、SDS法、CTAB-SDS法及TaKaRa法等4种方法提取高粱属6个近似种(假高粱、黑高粱、丝克高粱、拟高粱、苏丹草和明福1号)种子的DNA，并对不同提取方法所获取的DNA的纯度、质量浓度及DNA提取率研究分析比较，建立微量提取高粱属DNA方法——CTAB-SDS法。 然后进行了高粱属的6个近似种的rDNAITS区基因序列的研究，对6个近似种的rDNAITS区基因序列的测定与变异位点进行分析，得出结果。 最后研究了快速检测假高粱及其近似种DNA的分子标记方法。对6种限制性内切酶对假高粱及其同属近似种的rDNA18S-26S区部分基因片段的酶切进行分析得出结果。

目录

独创性声明及关于论文使用授权的说明

1前言

1.1本研究的意义

1.2国内外研究现状

1.3本研究的目的和所要解决的问题

2材料与方法

2.1材料

2.1.1植物材料

2.1.2供试试剂

2.1.3试剂制备

2.1.4供试引物

2.1.5仪器设备

2.2 DNA提取方法的研究

2.2.1 DNA提取方法

2.2.2 DNA纯度及质量浓度检测

2.2.3 DNA提取率检测

2.2.4凝胶电泳的检测

2.3假高粱及其近似种的核糖体DNA内转录间隔区基因的研究

2.3.1 ITS(18S-ITS1-5.8S-ITS2-26S)区PCR扩增引物的设计

2.3.2 ITS区的PCR扩增反应体系

2.3.3 ITS区的PCR扩增反应程序

2.3.4 ITS区的PCR扩增产物的电泳检测

2.3.5 ITS区的PCR扩增产物的纯化和测序

2.3.6测序后菌株的保存

2.3.7 ITS区基因序列分析

2.3.8遗传相似度的计算

2.3.9分子系统树的建立

2.4利用PCR-RFLP方法分析rDNA 18S-26S区的研究

2.4.1限制性内切酶的选择

2.4.2 rDNA 18S-26S区PCR扩增产物的酶切反应体系

3结果与分析

3.1 DNA提取方法的比较

3.1.1 DNA纯度检测

3.1.2 DNA质量浓度检测

3.1.3 DNA提取率检测

3.1.4凝胶电泳的检测

3.2假高粱及其近似种的rDNA ITS区基因的研究

3.2.1 rDNA ITS区PCR扩增产物的电泳检测

3.2.2 ITS区基因序列长度及G+C含量

3.2.3变异位点

3.2.4遗传相似度

3.2.5分子系统树

3.3利用PCR-RFLP方法分析rDNA 18S-26S区的研究

3.3.1限制性内切酶的选择

3.3.2利用NaeⅠ-PmaCⅠ检测假高粱

3.3.3 AflⅢ检测假高粱

3.3.4XceⅠ检测丝克高粱

3.3.5 BspH Ⅰ检测明福1号

3.3.6CfrⅠ检测明福1号、拟高粱

4讨论

4.1 DNA提取方法的研究

4.2假高粱及其近似种的核糖体DNA内转录间隔区序列的研究

4.3利用PCR-RFLP方法分析rDNA 18S-26S区的研究

参考文献

附Ⅰ DNA提取试剂盒(TaKaRa)操作步骤

附Ⅱ 4种方法提取DNA效果的比较

附Ⅲ假高粱及其近似种的rDNA区基因结构图

致谢