水稻齿叶矮缩病毒三个分离物S-S片段的基因结构特征分析

摘要

水稻齿叶矮缩病毒(Rice ragged stunt virus，RRSV)引起的水稻齿叶矮缩病是南亚和东南亚稻区的重要病毒病，是呼肠孤病毒科水稻病毒属的典型代表。 本研究通过有机试剂抽提，CF-11纤维素柱层析，从感病水稻组织中获取该病毒的全基因组双链RNA。根据泰国分离物(TH)对应片段的序列设计引物，通过RT-PCR技术成功地扩增到RRSV福建长汀分离物、沙县分离物和广东信宜分离物S6-S10全序列，并连接到pMD-18T载体上，转化大肠杆菌DH5α，质粒双酶切、质粒PCR和质粒PCR产物单酶切验证后经测序得到全长序列。 对测序完成的RRSV福建长汀分离物、沙县分离物和广东信宜分离物S6-S10全序列进行同源性分析，并对变异位点进行统计。对这些片段测序所得的核苷酸序列初步分析表明，三个分离物S10，S7，与TH-S10 TH-S7核酸同源性都为99％；S6与TH-S6核酸同源性为98％；CT-S9和GD-S9与TH-S9核酸同源性都为99％，SX-S9与泰TH-S9核酸同源性为94％；CT-S8和GD-S8与TH-S8核酸同源性都为99％，SX-S8核苷酸序列与TH-S8核酸同源性为93％。除SX-S6，SX-S7，SX-S8及GD-S7四个片段的某些碱基发生缺失，导致编码框移位而使得这些片段的开放阅读框(ORF)发生变化外，其它片段ORF与已报道的泰国分离物基因组对应片段的ORF大小相同。 借助生物学软件及相关在线分析工具进行基于氨基酸序列的生物信息学分析，包括蛋白质理化特性、蛋白质功能域、基序(Motif)、二级结构等，分析表明P6蛋白具有核定位信号，分别位于377位(序列为PNSPKKR)、380位(序列为PKKREKA)；NS10蛋白、P9蛋白和P8蛋白各有一个R-2 motif；P9蛋白有一个螺旋卷曲区域，五个蛋白均无信号肽。

目录

声明

摘要

1前言

1.1水稻齿叶矮缩病毒病的发生历史与现状

1.2水稻齿叶矮缩病毒病的生物学特性

1.3水稻齿叶矮缩病毒的形态与结构

1.4水稻齿叶矮缩病毒的基因组结构

1.4.1.RRSV基因组结构特点

1.4.2 RRSV基因组组成及所其ORF所编码的蛋白的功能

1.5本项目研究的目的及意义

2材料和方法

2.1材料

2.1.1供试毒源

2.1.2供试介体昆虫

2.1.3菌株及质粒

2.1.4主要试剂

2.1.5分析软件与工具

2.2方法

2.2.1水稻齿叶矮缩病毒病在福建省的发生情况调查

2.2.2病毒毒源纯化

2.2.3 RRSV dsRNA的提取

2.2.4引物设计与合成

2.2.5 RRSV S6-S10的PCR扩增

2.2.6 RRSV S6-S10的克隆与鉴定

2.2.7 RRSV S6-S10的核苷酸序列测定

2.2.8 RRSV S6-S10的结构特征比较分析

2.2.9 RRSV S6-S10编码的蛋白功能分析

3结果与分析

3.1 2007年水稻齿叶矮缩病毒病在福建省部分县市的发病情况调查

3.1.1 2007年福建省长汀县水稻齿叶矮缩病发病情况调查

3.1.2 2007年福建省三明市水稻齿叶矮缩病发病情况调查

3.2 RRSV dsRNA提取结果检测

3.3 RRSV福建长汀、沙县和广东信宜分离物S6-S10的基因结构特征比较分析

3.3.1 RRSV三个分离物的基因组S10片段结构特征的比较分析

3.3.2 RRSV三个分离物的基因组S9片段结构特征的比较分析

3.3.3 RRSV三个分离物的基因组S8片段结构特征的比较分析

3.3.4 RRSV三个分离物的基因组S7片段结构特征的比较分析

3.3.5 RRSV三个分离物的基因组S6片段结构特征的比较分析

3.4 RRSV三个分离物的基因组S6-S10编码的蛋白功能分析

3.4.1 RRSV三个分离物的基因组S10编码的蛋白功能分析

3.4.2 RRSV三个分离物的基因组S9编码的蛋白功能分析

3.4.3 RRSV三个分离物的基因组S8编码的蛋白功能分析

3.4.4 RRSV三个分离物的基因组S7编码的蛋白功能分析

3.4.5 RRSV三个分离物的基因组S6编码的蛋白功能分析

4.讨论

4.1 RRSV的分子变异特征

4.2我国水稻齿叶矮缩病毒的起源

小结

参考文献

致谢

附录