基于基因本体降维的蛋白质功能预测研究

目录

声明

1 绪论

1.1研究背景和意义

1.2国内外研究现状

1.3本文主要研究内容

1.4本文的组织结构

2 相关研究方法

2.1蛋白质功能预测模型基本结构

2.2语义相似度计算

2.2.1 蛋白质间语义相似度

2.2.2 功能标签间语义相似度

2.3降维模型

2.3.1 哈希学习

2.3.2 矩阵分解

2.4蛋白质功能预测评价度量

2.5本章小结

3 基于基因本体图哈希的蛋白质功能预测(HashGO)

3.1 HashGO方法介绍

3.1.1 基因本体图哈希

3.1.2 基于语义近邻的蛋白质功能预测

3.2实验结果分析

3.2.1 数据集

3.2.2 对比方法

3.2.3 预测结果统计分析

3.2.4 参数敏感性分析

3.2.5 运行时间分析

3.3本章小结

4 基于基因本体层次结构保持哈希的蛋白质功能预测(HPHash)

4.1 HPHash方法概述

4.1.1 层次结构保持哈希

4.1.2 蛋白质功能预测

4.2实验结果分析

4.2.1 数据集

4.2.2 对比方法

4.2.3 预测结果统计分析

4.2.4 参数敏感性分析

4.2.5 基于BLAST蛋白质功能预测

4.3本章小结

5 基于0-1矩阵分解的蛋白质功能预测(ZOMF)

5.1 ZOMF方法概述

5.1.1 0-1矩阵分解

5.1.2 结合蛋白质互作信息

5.1.3 结合功能标签关联信息

5.1.4 统一目标方程与优化求解

5.2实验结果分析

5.2.1 数据集

5.2.2 对比方法

5.2.3 预测结果统计分析

5.2.4 参数敏感性分析

5.2.5 运行时间对比

5.3本章小结

6 总结与展望

6.1论文总结

6.2论文展望

参考文献

附录

致谢

发表论文及参加课题一览表