西门塔尔牛、雪龙黑牛两群体部分胴体性状全基因组关联分析

摘要

随着高通量SNP基因分型技术的快速发展，全基因组关联分析(Genome-wide associationanalysis，GWAS)已经成为研究肉牛重要经济性状相关QTL的有力工具。目前，已经发现大量的SNP位点与肉牛重要经济性状显著相关。但在研究中发现一个问题:在一个肉牛群体中发现的显著SNP位点在另外一个群体中无法检测到，而我国肉牛育种的现状是品种多而杂，育种群规模小，如何将多个品种数据整合分析挖掘显著的SNP已成为目前研究的重点。
　　本研究在我团队已建立的西门塔尔牛、雪龙黑牛两个参考群体的基础上，利用获得的770KSNP基因型以及1217头西门塔尔牛和476头雪龙黑牛和尚头重、金钱腱重、后腱子重和腹肉重的表型数据，首先进行了单群体内全基因组关联分析，相互对照提高定位主效基因的准确性，然后探索性地对两个群体的混合群体进行了全基因组关联分析，得到如下结果:
　　1、在西门塔尔牛群体中，发现了与和尚头重，金钱腱重，后腱子重相关的9个显著SNP和8个潜在显著SNP，分别位于牛的6号，14号和15号染色体上。其中，BovineHD1400007259(p-value＜10-8)落在14号染色体上PLAG1基因内，该位点与西门塔尔牛和尚头重，金钱腱重，后腱子重三个性状显著相关，并且在金钱腱重的性状中可以解释高达8.6％的表型方差。
　　2、在雪龙黑牛群体中，发现了与和尚头重、金钱腱重和腹肉重3个性状显著相关的位点17个，它们分别位于11个基因内;其中落在14号染色体上的6个显著SNP位点(BovineHD1400012244、BovineHD140000623、BovineHD1400015773、BovineHD1400015773、BovneHD1400013403和BovineHD140001305)与雪龙黑牛金钱腱重显著相关。
　　3、西门塔尔牛和雪龙黑牛的混合群体GWAS分析发现，单群体中与金钱腱重性状显著相关的位点在混合群体中并未检测到，获得的较显著位点BovineHD1400011574(P-value=2.23E-06)未达到闽值，但也位于14号染色体上。
　　综上所述，本研究发现14号染色体上的BovineHD1400007259（位于PLAG1基因内）和BovineHD1400012244位点附近可能存在着与牛金钱腱重显著性相关的主效基因或QTL。

目录

声明

摘要

英文缩略表

第一章 文献综述

1．1 全基因组关联分析

1．2 全基因组关联分析研究的试验设计

1．3 GWAS的群体分层矫正

1．4 现阶段GWAS方法研究进展

1．5 GWAS在肉(奶)牛中的研究进展

1．6 本研究的目的和意义

2．1．1 资源群体构建

2．1．2 表型数据采集

2．1．3 基因型数据获取

2．2 实验方法

2．2．1 表型数据矫正

2．2．2 SNP芯片数据质量控制

2．2．3 主成分分析

2．2．4 全基因组关联分析

第三章 结果与分析

3．1 表型数据基本统计量

3．2 基因型数据质量控制

3．3 群体分层分析

3．4 单群体内GWAS分析

3．4．1 西门塔尔牛群体GWAS分析

3．4．2 雪龙黑牛群体GWAS分析

3．5 混合群体GWAS分析

4．1 单群体GWAS的应用

4．2 群体混合在GWAS中的应用

5．1 结论

5．2 下一步工作

参考文献

致谢

作者简历