N-13　凝集と泡沫分離の複合プロセスによる河川水からの高効率DNA回収法の開発

摘要

本研究は，凝集と泡沫分離法を複合プロセスを用いて，水中から細菌DNAの濃縮法に関する基礎的検討を行った。大腸菌をモデル細菌として，異なる凝集法による原水からの大腸菌DNAの回収率を評価した。アルミニウム塩凝集·泡沫分離法を使用した細菌DNAの回収率を算出したところ，23.3％であった。これに対して，鉄塩凝集·泡沫分離法の回収率は56.6％となり，アルミニウム塩凝集剤よりも回収率が優れていた。そこで，宮崎県内の3つの河川を対象として，鉄塩凝集·泡沫分離法と既存のフィルター濃縮法との細菌DNAの回収率を比較した。その結果，鉄塩凝集·泡沫分離法は，フィルター法と比較して，2.63-46.9倍の高いDNA回収率が得られた。さらに，次世代シーケンサーによって回収したDNAの細菌叢を解析した結果，両手法において細菌叢の構成に顕著な差が見られなかった。したがって，鉄塩凝集·泡沫分離法は，従来の濃縮法と比較して，高効率で水中の細菌DNAを回収可能な濃縮法である。