DNASynth: a software application to optimization of artificial gene synthesis

机译：dnasynth：一种用于优化人工基因合成的软件应用

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DNASynth is a client-server software application in which the client runs in a web browser. The aim of this program is to support and optimize process of artificial gene synthesizing using Ligase Chain Reaction. Thanks to LCR it is possible to obtain DNA strand coding defined by user peptide. The DNA sequence is calculated by optimization algorithm that consider optimal codon usage, minimal energy of secondary structures and minimal number of required LCR. Additionally absence of sequences characteristic for defined by user set of restriction enzymes is guaranteed. The presented software was tested on synthetic and real data.

机译：dnasynth是一个客户端 - 服务器软件应用程序，客户端在Web浏览器中运行。该计划的目的是支持和优化使用连接酶链反应合成人工基因的过程。由于LCR，可以获得由肽定义的DNA链编码。通过优化算法计算DNA序列，其考虑最佳密码子使用，二次结构的最小能量和最小数量的LCR。另外，保证了由用户集限制酶定义的序列特征。本软件对合成和实际数据进行了测试。

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来源
《Photonics Applications in Astronomy, Communications, Industry, and High Energy Physics Experiments》|2017年|various paging|共8页
会议地点
作者
Jan Muczynski; Robert M. Nowak;
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作者单位

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会议组织
原文格式 PDF
正文语种
中图分类 TB96-53;
关键词
Evolutionary algorithms; Molecules; Proteins; Computer programming; Databases; Detection and tracking algorithms; Human-machine interfaces; Algorithm development; Polymers; Principal component analysis; Biology; Genetic engineering; Optimization (mathematics);

机译：进化算法;分子;蛋白质;计算机编程;数据库;检测和跟踪算法;人机界面;算法开发;聚合物;主要成分分析;生物学;基因工程;优化（数学）;

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