フラグメント分子軌道法と分子動力学法を用いたSARS-CoV-2メインプロテアーゼ - N3阻害剤間の相互作用解析

摘要

【序】新型コロナウイルス (SARS-CoV-2) による感染症 (COVID-19) は 2019 年秋から現在に至るまで、世界中で深刻な被害をもたらしており、多くの研究グループが治療薬の開発に取り組hでいる。2020年2月にはLiuら[1] により、抗HIV薬などで標的とされる主要プロテアーゼとその阻害剤N3の複合体結晶構造 (PDBID:6LU7) が公開された。我々は、この結晶構造に着目し、ABINIT-MPによるフラグメント分子軌道 (FMO) 計算[2]、AMBER [3]による分子動力学 (MD) シミュレーションを組み合わせ、メインプロテアーゼとN3阻害剤の相互作用解析を行った。