Issue Date: 26-29 Sept. 2009rnrntOn page(s): rnt265rnttrn- 272rnrnrnLocation: Timisoara, RomaniarnrnPrint ISBN: 978-1-4244-5910-0rnrnrnrnttrnDigital Object Identifier: href='http://dx.doi.org/10.1109/SYNASC.2009.38' target='_blank'>10.1109/SYNASC.2009.38 rnrnDate of Current Version: trnrnt2010-05-06 14:34:00.0rnrnt rntt class="body-text">rntname="Abstract">>Abstractrn>In this paper we present efficient algorithmic techniques for identifying several types of sequence-related patterns. We consider two main problems: finding a maximum weight contiguous subsequence which has the structure of a permutation with repetitions, and an online problem consisting of the constrained guessing of a secret sequence.rnttrnrnt clas;
algorithmic techniques; contiguous subsequence; pattern identification; permutation with repetitions;
机译：高效算法以识别多个序列中的周期性模式
机译：Positional_nFCP：基于位置的大数据算法，用于识别大型人类基因组序列数据库中的n_length频繁连续模式（FCP）
机译：高度相似序列的快速Boyer-Moore型模式匹配算法
机译：用于识别具有多种类型的序列模式的算法
机译：用于鉴定和分析生物序列中重复模式的高效算法
机译：使用自适应和声搜索和反向传播算法发现内含子序列中的加权模式
机译：图4：（a）一种保守序列，其发生在芯片-SEQ数据集中的46,264个结合位点峰值中的79倍。说明了这种保守序列的突变分布，其中'_'表示该碱度不变; del表示此基础丢失; INS X表示新的基础X插入此基础前面。 （b）列出了几种重复的元素模式。 （c）在第一栏中，示出了由MEME芯片工具（Machanick＆Bailey，2011）开采的前五个DNA主题。由CFSP算法发现的相应保守序列列于第二列中。在第三列中，列出了从突变信息转换的特定位置的评分矩阵。 MEME主题与PSSM格式的相似性与PSSM格式之间的相似性通过邮票图章比较工具（Mahony＆Benos，2007）计算。这些对相似性的电子值显示在第四列中。 （d）在由GKMSVM描述符聚集的每个组中选择了一个图案，下面列出了CFSP算法的相应主题。 （e）从https://www.encodeproject.org收集的，有附加数据集（文件no：cernff100grl，cenf616irl，conf8.20cer，target：srebf1）。使用MEME工具在每个文件中选择前两个图案，并且我们的算法发现的相应主题如下所示。
