基于大白×民猪F2群体的猪肌肉量性状全基因组关联分析

摘要

近年来，随着高密度单核苷酸多态性(single NucleotidePolymorphism，SNP)芯片的不断出现和基因分型技术平台的不断发展，对猪开展全基因组关联分析(Genome—wide Association Study，GWAS)研究成为了现实。本研究利用大白×民猪F2群体为研究对象，在240±7日龄时对群体中的个体进行了屠宰，并测定了每个个体的后腿瘦肉量及瘦肉率。之后，选择了群体中的449个F2个体进行了基因分型并采用基于混合模型及回归的快速全基因组关联及基因组对照法(Genome—wideRapid Association using the Mixed Model andRegression—Genomic Control，GRAMMAR—GC)进行全基因组关联分析。结果显示，共有22个SNPs与后腿瘦肉量及瘦肉率在全基因组(p<1．03E-06)或者染色体(p<9．63E—06)水平显著关联。在这22个SNPs中，有20个显著关联位点被定位于覆盖了影响肌肉量的主效基因胰岛素样生长因子2基因(insulir-like growth factor 2，IGF2)的2号染色体的寒端。在此区域中，编号为H3GA0005226的SNP被定位在可以与成肌分化抗原基因(MyogenicDifferentiation Antigen，MyoD)结合进而影响肌肉发育的原癌基因(C-ABI Oncogene 1，ABL1)附近，其功能需要进一步研究。另外两个与SNPs位点位于1号染色体，为初次报道，亦需要进一步研究验证。