基于高通量测序的甜菜内生细菌多样性

摘要

目的：揭示甜菜内生细菌多样性及其演替规律和动态变化。方法：采用液氮研磨法分别提取甜菜组织总DNA，采用通用引物L-V3和R-V3扩增内生细菌16S rDNA的V3区，通过华大基因公司进行12个甜菜内生菌样品的16S rDNA的V3区的Illumina高通量测序平台测序，并进行相应的高级信息学分析。结果：1、甜菜内生细菌具有较高的多样性.其中内生细菌优势菌属为Acidobacteria，Sphingobacteria，Gemmatimonadetes，Alphaproteobacteria，Betaproteobacteria，Deltaproteobacteria，Gammaproteobacteria。2、PCA结果表明样品中内生细菌的相对含量主要由2个主成分决定，即PC1和PC2。3、聚类分析表明甜菜同一生育期内生细菌群落结构相似。在纲水平上甜菜内生细菌的一些类群表现出明显的演替规律。