基于16S rRNA基因高通量测序方法分析多花黄精内生细菌群落结构及多样性

摘要

目的 采用高通量测序技术分析多花黄精内生细菌的多样性及菌群结构.方法 通过蒽酮-硫酸法测定多糖含量,采用通用引物对细菌16S rRNA高可变区(V3-V4区)进行PCR扩增,运用Illumina Miseq PE250高通量测序技术对扩增子进行测序,并用QIIME等软件对测序序列进行生物信息学分析.通过Spearman相关性分析菌群与多糖含量的相关性.结果 多花黄精内生菌测序共获得90628条有效序列和5287个OTU,稀释曲线和Coverage指数反映测序结果 比较全面地覆盖了多花黄精内生细菌群落.Alpha多样性分析表明,其内生细菌多样性程度高.在门水平,其优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacte-ria)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、酸杆菌门(Acidobacteria).属水平,核心菌群由鞘氨醇单胞菌属(Sph-ingomonas)、芽单胞菌属(Gemmatimonas)、链霉菌属(Streptomyces)组成.PICRUSt基因预测表明,多花黄精内生细菌以代谢功能为主,主要包括能量代谢、碳水化合物代谢、氨基酸代谢等.通过Spearman相关性分析,在属水平共得到19个菌群与多糖含量相关,其中3个属呈正相关,16个属菌群呈负相关.结论 多花黄精内生细菌的多样性程度高,存在多种不同种类的细菌,且菌群与多糖含量相关.该研究解析了多花黄精内生细菌的多样性、丰度及主要菌属,对深入研究多花黄精内环境有一定指导意义.