诺如病毒GZ2010-L26株基因组克隆及序列分析

摘要

目的：为了解广州地区诺如病毒主要流行基因型的全长基因组特征，本研究克隆并分析了代表株GZ2010-L26的全基因组序列。方法：在对广州地区临床样本中诺如病毒污染状况调查的基础上，以检测获得的代表株GZ2010-L26为研究对象，通过BLAST同源序列为模板设计引物，并采用三段克隆法扩增并拼接得到了GZ2010-L26的全基因组序列，同时运用ClustalX、DNASTAR、MEGA等软件对其进行分析，构建系统发育树。结果：GZ2010-L26株基因组全长为7557bp，编码3个开放阅读框，其中ORF1为5100bp, ORF2为1623bp, ORF3为807bp，以及3’端非编码区为46bp。另外，ORF1与ORF2之间具有19个核昔酸的重叠区域，ORF2与ORF3之间也公用一个碱基。根据全基因组及各ORF区的序列构建系统进化树，分析表明GZ2010-L26株属于GII.4-2006b亚型。结论：对诺如病毒流行株的全基因组分析，不但有助于加强对于流行株的认识，同时对变异信息积累、疫苗开发、突变预测等具有重要意义。