中国石蒜转录组的测序与分析

摘要

为了研究挖掘植物茉莉酸信号途径和次生代谢相关基因,提取了经过甲基茉莉酸甲酯处理的中国石蒜的花的RNA对其进行测序,取得了10.47Gb去杂的数据,包含了72096984条reads,含1047976614个碱基对.得到34985条unigenes,unigene的最大长度为9441bp,平均长度为790bp.本次测序结果中共有34396条中国石蒜Unigene基因在GO数据库中得到注释,占Unigene总数的98.32％,这些基因被归为25个eggNOG类别.其中在甲基茉莉酸甲酯处理下cSNP数量有229527个,cSNP的密度分别为120.52.单碱基重复SSR类型最多为3587个,其次是三碱基重复SSR为1900个.