不明原因早期癫痫性脑病候选易感/致病基因筛查

摘要

目的：利用自主研发的能覆盖己知EEEs致病/相关基因的编码区及其侧翼序列和启动子区的、开放式"早期癫痫性脑病基因诊断芯片"对不明原因EEEs患儿进行筛查,为部分不明原因EEEs患儿明确病因,为患儿及其家庭提供遗传咨询.方法：采用"早期癫痫性脑病基因诊断芯片"对50例不明原因的的EEEs患儿DNA样本的目标区域基因进行捕获,利用illumina Hiseq 2000进行高通量测序.生物信息学分析,筛选样本中相关基因的突变信息.利用一代测序技术,验证检测到的候选/致病基因.结果:50例不明原因EEEs患儿中,共发现13331个变异和245个插入/缺失,排除掉在dbSNP、HapMap、千人基因组计划、其他外显子测序项目中出现的SNPs;同时过滤掉SIFT预测对蛋白功能无影响的SNPs;剩下的变异或InDel作为疾病相关的易感/致病基因突变;对可能的易感/致病突变基因进行Sanger测序验证、家系成员测序后,共在10例患者中验证了12个易感/致病性突变,阳性检出率为20％ (10/50).结论:通过自主研发的"早期癫痫性脑病基因诊断芯片",对50例不明原因EEEs患儿行基因筛查,为20％患者明确病因提供了可能,为其家庭再生育时患病风险的评估提供了理论基础.本研究中发现的基因突变均为国际上未报道的突变类型,丰富了EEEs致病基因突变数据库.