不同禽源副粘病毒分离株F基因的克隆与序列分析

摘要

分别对鸡源、鸭源、鹅源NDV强毒分离株(WFooC、WFooD、WFooG)的F基因进行RT-PCR扩增、克隆和序列测定，对其核苷酸和推导氨基酸序列的分析结果表明，各分离株F基因均含1个完整的开放阅读框(ORF)，全长为1662bp，编码553个氨基酸，有6个潜在的糖基化位点，裂解位点区的氨基酸序列均为112R-R-Q-K-R-F117，与强毒株特征相符，具有第101位的K(赖氨酸)和121位的V(缬氨酸)，符合基因Ⅶ型NDV特征;WFooC株有134个半胱氨酸(Cys)残基，WFooD株和WFooG株各有12个Cys残基：在限制性内切酶(RE)位点(nt334-1682)的分布上，三个毒株均存在多数鹅源分离株特有的973nt和1249nt Rsa Ⅰ位点;WFooD株与WFooC株、WFooG株以及GenBank下载的15株各基因型代表株的F基因编码区同源性进行比较，其核苷酸序列同源率为84.7～99.3％，推导的氨基酸序列同源率为88.4～98.9％;三个分离株间的同源性较高，其与ZJ1、SF02和NA_1等鹅源毒株之间差异较小，而与Lasota、F48E9等毒株之间差异明显。根据NDV系统发育进化树、酶切位点分析以及基因分型结果，证明它们的基因型均为Ⅶd亚型。