口蹄疫病毒R株基因组序列分析研究

摘要

根据Genbank上发表的口蹄疫全基因序列数据,设计了多对引物,采用RT-PCR的方法,分别对R株编码区和非编码区基因进行扩增,将各片段克隆至pMD18-T载体,进行核苷酸序列测定.按顺序拼接各基因的序列,将结果序列与Genbank上各FMDV毒株的序列进行比较和同源性分析.序列的比较和分析表明,R株编码区全长为6966nt,共编码2322aa;非编码区5'IRES区长约450nt,3'UTR从TAA始至Poly(A)前长为94nt,所测出Poly(A)尾长度为18nt.与Genbank上世界流行毒株的序列比较,编码区核苷酸序列同源性为88％～90％,推导的氨基酸序列同源性为88％～95％.本实验获得了FMDVR株编码区和部分非编码区的基因序列,对口蹄疫病毒分子流行病学监测及其综合防制有较重要的研究价值。