犬、狐、貉粪样中犬冠状病毒的检测及基因型分析

摘要

自2003年7月至2004年4月间收集犬粪样129份,其中南京地区家庭单养的腹泻犬粪样43份,犬场群养健康犬粪样30份;沈阳地区群养健康犬粪样39份;昆明地区群养健康犬粪样12份,腹泻粪样5份;安微某养殖场健康狐粪样61份、貉粪样24份.用套式PCR(RT-nPCR)方法检测犬冠状病毒(CCV)并进行基因型鉴定.结果显示,健康犬粪样中Ⅱ型CCV的检出率南京为80.0﹪(24/25),沈阳为87.2﹪(34/39),昆明为100﹪(12/12),健康狐粪样为70.5﹪(43/61)貉为91.7﹪(22/24),地区之间差别不大,但都高于南京和昆明腹泻犬粪便中CCVⅡ型检出率,41.9﹪(18/43)和40.0﹪(2/5).Ⅰ型CCV的检出结果:南京和沈阳的犬粪样中没有检测到Ⅰ型CCV;1份昆明腹泻犬粪样为CCVⅠ型阳性;29份狐粪样为CCVⅠ型阳性,其中25份同时也是CCVⅡ型阳性,两型混合感染率为41.0﹪;16份貉粪样为CCVⅠ型阳性(66.7﹪),同时也是CCVⅡ型阳性.对部分Ⅰ型和Ⅱ型CCV阳性样本进行测序分析,结果显示,所得Ⅱ型CCV序列都与CCV 1-71及来自中国大熊猫CCV的M基因序列有很高的同源性,分别在96.5~99.5﹪和95.8~99.1﹪之间,与TGEV的同源性(93.4~97.2﹪)高于Ⅰ型FCoV代表株UCD1(77.8~81.6﹪)和Ⅱ型FCoV代表株FIPV 79-1683(75.9~79.7﹪).狐源与貉源CCVⅠ型序列与GenBank上Ⅰ型CCV同源性最高(96.7﹪~98.1﹪).来自昆明的Ⅰ型CCV序列在系统进化树上处于Ⅰ和Ⅱ型CCV之间,可能是一个新的变异株.本研究证实在国内健康犬、狐、貉群中普遍存在CCV的感染,CCVⅡ型的感染较为普遍,CCVⅠ型感染呈局域型分布,并首次从貉粪样中检测到CCV.