ALV-J分离株全基因序列测定及比对进化分析

摘要

J亚型禽白血病病毒(AIV-J)最早由PayneLN等在1988年从肉鸡中分离得到.我国在1999年首次从商品肉鸡中分离到ALV-J.ALV-J主要引起肉鸡成髓细胞性白血病,表现为肝脏、脾脏肿大,表面分布弥漫性肿瘤性结节.ALV-J在病毒干扰性、交叉中和反应及宿主范围上都与以前的A-E亚型截然不同.rn 随着(AIV-J)在世界范围内的广泛流行,蛋鸡中也逐渐出现ALV-J的感染情况.自2002年以来,国内陆续有报道称已经在蛋鸡中分离到ALV-J.近年来,J亚型禽白血病病毒更是对我国的蛋鸡产业造成了巨大的经济损失.有研究表明,一些毒株已经发生了变异,白来航商品蛋鸡出现骨髓细胞瘤,经过病毒分离发现了一种含有ALV-J的LTR与ALV-B的env基因的重组病毒.rn 本研究分别从我国不同地区的肉鸡和蛋鸡中分离得到了6株J亚型禽白血病病毒.分别命名为CAUGX01、CAUHM01、CAUSY01、CAUTSOI、CAUXT01、CAUYL01.根据已发表的HPRS-103序列,设计并合成了7对引物.以各分离毒株感染DF-1细胞的基因组DNA作为前病毒基因组模板,经PCR扩增出7段连续且部分重叠的DNA片段,剪辑拼接后获得了6株前病毒的金基因组序列.全长分别为CAUGXOI,7502bp; CAUHM01,7523bp; CAUSY01,7577bp; CAUTS01,7650bp; CAUXT01,7652bp; CAUYL01,7628bp.Genbank编号分别为JF93199-JF93204.rn 对6株ALV-J分离株的序列进行分析发现,6株病毒均具有典型的反转录病毒基因组结构特点,即5' LTR-gag-pol-env-3 'LTR.将6株病毒的全序列与HPRS-103和SD07LKI进行比对发现,其gag.pol及DRI区基因较保守,而LTR和env基因则变异较大.其中CAUGX01、CAUHM01在rTM区缺失了203个碱基;CAUSY01、CAUTS01、CAUXTOI和CAUYL01株在rTM区缺失175个碱基.CAUGXOl、CAUHMOI株在E元件区发生了127个碱基的缺失;CAUSY01、CAUTS01、CAUXT01、CAUYL01在E元件区的30位发生1个碱基的缺失;CAUGXOl,CAUHM01在E元件区71、72位发生2个碱基的插入.其余各主要基因区域仅发生核苷酸的突变.rn gp85氨基酸序列系统发育树分析显示,6株ALV-J分离株和ALV-J参考毒株的gp85氨基酸序列位于系统发育树ALV-J大分支内.CAUTS01、CAUXT01、CAUYL01、CAUHM01、CAUSY01株与同样是2009年分离自我国江苏地区蛋鸡的2个参考毒株JS09GY3和JS09GY6及2008年分离自俄罗斯的SVR807株亲缘关系最为接近,同处于一个小分支中.CAUGX01则与2005-2007年分离自我国不同地区的7株肉鸡ALV-J参考毒株处在一个大的分支内.rn 本研究完成了6株J亚型禽白血病病毒分离株的进行全基因组测序,并与国内外代表毒株进行比对分析和亲缘性鉴定,有助于了解分离株的来源及其与国内外代表毒株的相互关系.